本发明公开了一种用于地理特异性双脐螺溯源的SNP标记及检测方法和应用,所述SNP标记包含以下三个SNP分子标记中的至少一种:SEQ ID NO:1所示序列中第501位,SEQ ID NO:2所示序列中第501位或SEQ ID NO:3所示序列中第501位SNP位点。所述检测方法为,提取双脐螺样本DNA,对样本DNA进行目的基因的PCR扩增和单碱基延伸形成样品分析物,样品分析物与质谱芯片基质共结晶,检测目的基因的SNP位点,从而实现不同SNP的精确分型。通过上述方法,可以快速、准确地获得不同位点的SNP分型信息,为后续的相关研究提供可靠的参考信息。针对该位点的SNP芯片可区分来自不同地区的双脐螺,实现溯源的快速检测。