本发明涉及一种水稻稻米直链淀粉含量基因OsACF1及其应用。本发明发现了一种新的能够调控稻米中直链淀粉含量的基因OsACF1。所述的OsACF1氨基酸序列如SEQ ID NO.1所示,所述的应用是:采用常规方法,基因敲除、改变、抑制或过量OsACF1基因,使得常规水稻品种中的OsACF1基因表达水平发生改变,进而获得具有不同直链淀粉含量的水稻。本发明制备的具有低直链淀粉含量的水稻在水稻营养生长时期无异常表型出现,但成熟稻米直链淀粉含量降低。如果应用于水稻育种中,可以显著提高稻米品质,为培育新型优质水稻品种提供新的基因资源,在农业生产上具有重要的应用。另一方面,可以通过过量表达OsACF1基因,获得高直链淀粉含量的水稻种质,为培育高抗性淀粉特种水稻奠定基础。