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[发明专利]基于回归模型的基因样本污染批量检测方法、装置、设备及介质-CN202310707510.1在审
发明人：周艺华;张慧;杨峰;洪跟东 -专利权人：上海睿璟生物科技有限公司
申请日： 2023-06-14 - 公布日： 2023-08-18 - 主分类号： G16B20/20 文献下载
摘要：本申请提供基于回归模型的基因样本污染批量检测方法、装置、设备及介质，包括：获取基因样本的遗传突变位点及遗传突变位点的变异频率信息，并计算预设变异频率段内的突变位点分布频率；使用岭回归分类模型对预设变异频率段内的突变位点分布频率进行基因样本是否污染的批量检测；使用线性回归模型对预设变异频率段内的突变位点分布频率进行基因样本污染比例的预测；通过污染比例预测值与预设比例阈值的比较来确定基因样本污染情况。基于岭回归分类模型的污染预测，其AUC值可高达0.93，基于线性回归模型的污染比例预测，其决定系数R2的均值可达0.92，提供了一种可以应用于范围较小的panel、批量检测且不依赖于配对样本、能快速并精准地评估污染比例的工具。
基于回归模型基因样本污染批量检测方法装置设备介质

[发明专利]基于机器学习的多重PCR扩增优化方法、系统、设备及介质-CN202310092169.3在审
发明人：石涵;李玉欣;杨峰;洪跟东 -专利权人：上海睿璟生物科技有限公司
申请日： 2023-01-30 - 公布日： 2023-05-09 - 主分类号： G16B40/00 文献下载
摘要：本申请提供基于机器学习的多重PCR扩增优化方法、系统、设备及介质，本发明可基于过往研究数据，针对新设计的多重扩增NGS Panel，在无需预先进行配制、测序的情况下，获得最佳的引物对配比方案，使得最终测序数据得到理想的数据质量与数据均一性；本发明中模型建立所需采集的信息均为常规引物设计、测序检测中可采集的数据，获取便利。基于支持向量回归(Support Vector Regression,以下简称SVR)模型所获得预测结果可直接应用于Panel配制，大大缩短传统Panel引物配方研究的时间；本发明所建立的模型中，参数可调范围大，可被应用于复杂多变的预期用途，如：难扩增低覆盖度区域的扩增优化方法；针对低丰度、低完整度核酸的特别Panel优化方法等。
基于机器学习多重 pcr 扩增优化方法系统设备介质

[发明专利]一种高GC含量文库环化用试剂盒及其用途和方法-CN202211493955.6在审
发明人：王宝霞;杨峰;石涵;洪跟东 -专利权人：上海睿璟生物科技有限公司
申请日： 2022-11-25 - 公布日： 2023-03-07 - 主分类号： C12Q1/6806 文献下载
摘要：本发明涉及高通量测序检测领域，特别是涉及一种高GC含量文库环化用试剂盒及其用途和方法，所述试剂盒包括单链环化试剂，所述单链环化试剂包括测序平台连接引物、连接酶和单链稳定添加剂，所述单链稳定添加剂选自甜菜碱、甲酰胺、DMSO或甘油中的任一种或多种。所述试剂盒能用于制备单链环化DNA产品。本发明的试剂盒对高GC含量文库的环化效率高，测序深度足够，不会造成漏检。
一种 gc 含量文库环化试剂盒及其用途方法

[发明专利]二代测序的靶向序列捕获探针设计策略选择方法、系统及终端-CN202211193123.2在审
发明人：杨峰;周艺华;张博;石涵;洪跟东 -专利权人：上海睿璟生物科技有限公司
申请日： 2022-09-28 - 公布日： 2023-02-24 - 主分类号： G16B30/10 文献下载
摘要：本发明的二代测序的靶向序列捕获探针设计策略选择方法、系统及终端，通过基于构建的探针捕获区域分类模型，根据输入的目标序列获得对应的探针捕获区域分类结果，并根据所述探针捕获区域分类结果选择与其对应的探针设计策略。本发明通过模型对靶标区域序列特征的预测，可以对不同区域进行分组，针对性地采取不同的探针设计和铺设策略，从而可以缩短后续实验的优化过程，节约时间成本；还可在实际应用中可有效提高捕获检测panel的整体性能，节约研发成本，保证临床样本的准确稳定检出。
二代靶向序列捕获探针设计策略选择方法系统终端

[发明专利]胚系位点变异致病性预测方法、装置、终端及介质-CN202211338022.X在审
发明人：张博;杨峰;石涵;洪跟东 -专利权人：上海睿璟生物科技有限公司
申请日： 2022-10-28 - 公布日： 2023-01-20 - 主分类号： G16B20/50 文献下载
摘要：本申请提供胚系位点变异致病性预测方法、装置、终端及介质，通过对变异位点数据进行赋值并进行功能性注释得到模型训练数据集，通过使用优化后独特的损失函数，训练得到用于胚系位点变异致病性预测的CNN‑XGBoost模型，该模型对训练集分类效果达到了99％准确度，在对平行无交集的测试数据集预测中准确度高达96％，克服了现存方法的过度训练的偏向性。利用本发明提供的预测模型可以辅助临床报告中被解读为意义不明确的基因突变位点的解读，提高变异位点解读的准确性并辅助医生的临床决策。另外，在产品设计初期可通过模型对靶标区域基因变异位点致病性致病性进行预测，辅助基因panel的设计和优化，减少致病位点的漏检，从而提高产品性能。
胚系位点变异致病性预测方法装置终端介质

[发明专利]一种用于检测胰腺癌胚系变异的探针组合物、试剂盒-CN202211341359.6在审
发明人：杨峰;王翠云;石涵;张博;周艺华;洪跟东 -专利权人：上海睿璟生物科技有限公司
申请日： 2022-10-28 - 公布日： 2022-12-30 - 主分类号： C12Q1/6886 文献下载
摘要：本发明涉及基因检测领域，特别是涉及一种用于检测胰腺癌胚系变异的探针组合物、试剂盒，所述探针组合物中各探针的一端连接有第一标记物，所述探针组合物中各探针为单链RNA探针。所述试剂盒中包括所述的探针组合物和捕获磁珠，所述捕获磁珠上固定有能够与第一标记物反应结合的第二标记物。本发明的探针组合物对胰腺癌胚系变异筛查所涵盖的基因列表更适于中国人群胰腺癌胚系变异的检测，在实际应用中各项性能优越，可以高效捕获胰腺癌胚系易感基因全外显子上的所有致病及可能致病变异，提升胰腺癌遗传易感基因的准确稳定检出，防止漏检，辅助医生对可能潜在的发病患者早期介入干预。
一种用于检测胰腺癌变异探针组合试剂盒

[发明专利]用于检测甲状腺结节良恶性的甲基化标志物和用途-CN202211006431.X在审
发明人：郑向前;杨峰;何文天;阮先辉;石涵;洪跟东 -专利权人：天津市肿瘤医院（天津医科大学肿瘤医院）;上海睿璟生物科技有限公司
申请日： 2022-08-22 - 公布日： 2022-11-04 - 主分类号： C12Q1/6886 文献下载
摘要：本发明属于分子生物医学技术领域，公开了用于检测甲状腺结节良恶性的甲基化标志物和用途。本发明鉴定了780个全新的甲基化位点，关联273个肿瘤发生、发展相关基因，涉及吞噬作用信号通路(Fc gamma R‑mediated phagocytosis)，提供的用于检测甲状腺结节良恶性的甲基化标志物包含多个基因和多个甲基化位点，通过多基因多位点的甲基化水平检测，克服单基因或单位点的甲基化信号低、不稳定的问题，从而提高了检测的灵敏度和特异性。
用于检测甲状腺结节恶性甲基化标志用途

[发明专利]一种用于检测基因突变的封闭型荧光探针-CN202210720247.5有效
发明人：杨峰;李雯;龚伟;石涵;洪跟东 -专利权人：上海睿璟生物科技有限公司
申请日： 2022-06-24 - 公布日： 2022-09-30 - 主分类号： C12Q1/6883 文献下载
摘要：本发明涉及分子生物学技术领域，特别是涉及一种用于检测基因突变的封闭型荧光探针，所述封闭型荧光探针与野生型目标基因序列相互补，且5’端包含待测突变位点对应的野生型碱基，所述封闭型荧光探针一端标记有荧光报告基团，另一端标记有荧光淬灭基团。本发明的封闭型荧光探针将普通的qPCR荧光探针和阻断型探针相结合，同时具有荧光信号探针和非特异信号封闭探针功能，更具有成本优势，且检测体系简单，非特异性信号扩增降低，特异性提高。
一种用于检测基因突变封闭荧光探针

[发明专利]一种用于诊断甲状腺癌淋巴结转移的试剂盒及其应用-CN202210780498.2在审
发明人：杨峰;李雯;龚伟;石涵;洪跟东 -专利权人：上海睿璟生物科技有限公司
申请日： 2022-06-28 - 公布日： 2022-09-27 - 主分类号： C12Q1/6886 文献下载
摘要：本发明公开了一种用于诊断甲状腺癌淋巴结转移的试剂盒及其应用，属于生物医药技术领域。本发明用于检测的生物标志物组包含有TG基因、TSH‑R基因、TPO基因，基于该生物标志物组设计了检测引物和探针，进一步开发了检测试剂所应用的诊断产品，可用于诊断甲状腺癌淋巴结转移和/或评估甲状腺癌淋巴结转移风险等；本发明同时还进一步公开了诊断产品之一的试剂盒的使用方法，采用一步法RT‑qPCR，使反转录和PCR扩增在同一反应体系中进行，可以降低污染风险，节省操作步骤和操作时间；并且将目的基因与内参基因在单管内同时进行反应，可以提高结果的准确性和检测通量；采用多基因联检，三基因交并集联合判断方式，可以提高结果的准确性和灵敏度，具有广泛应用前景。
一种用于诊断甲状腺癌淋巴结转移试剂盒及其应用

[发明专利]一种检测RET基因M918T突变的PCR试剂盒及其检测方法-CN202210437931.2在审
发明人：杨峰;龚伟;李雯;洪跟东 -专利权人：上海睿璟生物科技有限公司
申请日： 2022-04-25 - 公布日： 2022-09-09 - 主分类号： C12Q1/6886 文献下载
摘要：本发明涉及基因突变检测领域，公开了一种检测RET基因M918T突变的PCR试剂盒，包括核酸扩增试剂和对照品。所述核酸扩增试剂包括RET M918T反应液，所述反应液中含有用于检测RET基因M918T突变的特异性引物和荧光探针。所述核酸扩增试剂还包括ddPCR Mix。本发明还公开了上述检测RET基因M918T突变的PCR试剂盒的检测方法的检测方法。本申请的试剂盒采用数字PCR技术，可对甲状腺结节细针穿刺活检样本中的RET基因M918T突变进行定量检测，从而辅助诊断甲状腺结节的良恶性。
一种检测 ret 基因 m918t 突变 pcr 试剂盒及其方法

[发明专利]用于甲状腺结节良恶性判别的生物标志物、多基因联检试剂盒及应用-CN202210502980.X在审
发明人：龚伟;李雯;石涵;杨峰;洪跟东 -专利权人：上海睿璟生物科技有限公司
申请日： 2022-05-09 - 公布日： 2022-07-29 - 主分类号： C12Q1/6883 文献下载
摘要：本发明属于生物医药领域，公开了一种用于甲状腺结节良恶性判别的生物标志物、多基因联检试剂盒及应用。所述生物标志物组包含8种DNA单碱基突变和4种基因融合中的至少一种；所述8种DNA单碱基突变选自BRAF基因V600E、TERT基因C228T/C250T、KRAS基因G12C/G12V/Q61R、NRAS基因Q61R、HRAS基因Q61R，所述4种基因融合选自CCDC6‑RET(Exon1‑Exon12)、NCOA4‑RET(Exon8‑Exon12)、PAX8‑PPARG(Exon10‑Exon2)、ETV6‑NTRK3(Exon4‑Exon14)。本发明的方法和试剂盒检测灵敏度高、特异性高，应用场景广泛。
用于甲状腺结节恶性别的生物标志多基因联检试剂盒应用

[发明专利]一种预防腹腔术后粘连的水凝胶及其制备方法和应用-CN201710717795.1有效
发明人：朱宏彬;洪跟东;李月艳 -专利权人：上海鹏冠生物医药科技有限公司
申请日： 2017-08-21 - 公布日： 2021-01-01 - 主分类号： A61L31/12 文献下载
摘要：本发明公开了一种预防腹腔术后粘连的水凝胶，该水凝胶包括以下重量份组分：海藻酸钠、氧化海藻酸钠、羧甲基纤维素钠、羟甲基纤维素钠。所述海藻酸钠分子量为：Mw=2×104～4×104，所述氧化海藻酸钠分子量为：Mw=5×103～2×104。本发明制得的水凝胶采用注射或涂敷的方式将水凝胶附着于组织表面。基于海藻酸钠、氧化海藻酸钠、羧甲基纤维素钠、羟甲基纤维素钠等不与细胞亲和的高亲水性和高电荷密度天然高分子材料，经阳离子络合交联，获得水凝胶网络。本产品利用其高亲水性/高电荷密度，以阻断纤维细胞侵入和组织接触的方式，避免术后纤维性粘连发生。本产品具有适宜的溶蚀降解速率、无免疫原性、附着力较好、减少细菌感染、促进愈合作用等显著优势。
一种预防腹腔术后粘连凝胶及其制备方法应用

[发明专利]一种提高静电纺微纳米纤维膜力学性能的物理改性方法-CN201710169973.1有效
发明人：朱宏彬;洪跟东 -专利权人：上海鹏冠生物医药科技有限公司
申请日： 2017-03-21 - 公布日： 2019-11-12 - 主分类号： D06C7/00 文献下载
摘要：本发明提供一种提高静电纺微纳米纤维膜力学性能的物理改性方法，包括以下步骤：1)将静电纺微纳米纤维膜转移至防粘连基底材料上，并在其上方再覆盖一层防粘连基底材料；以及2)将步骤1)中的静电纺微纳米纤维膜置于两夹板之间，夹板的温度T为静电纺微纳米纤维膜的玻璃化温度T_g减去20℃所得温度至静电纺微纳米纤维膜的熔融温度T_m之间的某一温度值，即T_g‑20℃≤Tm，两夹板之间的压强设置为1～50MPa，处理一定时间，获得经过物理改性的静电纺微纳米纤维膜。根据本发明，既提高了静电纺微纳米纤维膜的力学强度，又降低了纤维膜体内的异物感，改善了纤维膜表面体液浸润性，最重要的是大幅缩短了处理时间，提高了处理效率。
一种提高静电纳米纤维力学性能物理改性方法

[发明专利]一种无血清无DMSO组织工程骨冻存液及其制备和冻存方法-CN201811356871.1在审
发明人：崔磊 -专利权人：崔磊;洪跟东
申请日： 2018-11-15 - 公布日： 2019-10-22 - 主分类号： A01N1/02 文献下载
摘要：本发明涉及一种组织工程骨冻存液及其制备和冻存方法。本发明摒弃了DMSO和动物血清等常用的冻存液成分，而是采用以alpha‑MEM基础培养液为基质，联用了安全性较高的丙二醇、聚乙二醇、维生素C和谷氨酰胺。避免了DMSO对细胞的潜在化学毒性反应，也避免了血清传播动物源性病原体及病毒污染的风险。而且，采用本发明的冻存液，组织工程骨冻存的效果好，细胞复苏后活率高。冻存12周后，用本发明冻存液冻存的组织工程骨，复苏后细胞活率为90％以上，细胞增殖不改变、并维持成骨分化表型。
冻存液冻存组织工程骨制备基础培养液细胞病毒污染成骨分化动物血清动物源性谷氨酰胺聚乙二醇细胞复苏细胞增殖维生素C 病原体丙二醇无血清血清表型基质联用复苏传播

[实用新型]一种防干扰静电纺装置-CN201721265935.8有效
发明人：朱宏彬;洪跟东;李月艳 -专利权人：上海鹏冠生物医药科技有限公司
申请日： 2017-09-29 - 公布日： 2018-06-19 - 主分类号： D01D5/00 文献下载
摘要：本实用新型公开了一种防干扰静电纺装置，该装置包括喷射针头、针头稳定器、针头固定板和接收装置，所述喷射针头的根部固定在针头固定板上，针头稳定器的一端固定在针头固定板上、另一端螺旋绕设在喷射针头的周边，喷射针头的端头露出针头稳定器的螺旋缠绕端头，针头稳定器的螺旋缠绕端至其固定端呈漏斗状分布，所述针头固定板与接收装置之间相互平行设置，在所述针头固定板与接收装置之间分布有电场。该装置能产生与静电纺丝射流方向相同的局部高强电场，作用于静电纺丝射流，减小射流受微观环境的影响，减小静电纺丝射流的不稳定性，加快静电纺丝速度，提高静电纺丝的效率，改善静电纺丝纳米纤维质量。
针头静电纺丝针头固定板稳定器射流喷射静电纺装置螺旋缠绕防干扰端头减小本实用新型不稳定性高强电场纳米纤维平行设置微观环境电场固定端漏斗状

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