本发明公开了一种单细胞中同时进行表观基因组学和转录组学信息测序的文库的构建方法,所述方法为:先对细胞内的RNA进行反转录,再对染色质三维结构信息进行捕获,接着将细胞裂解片段化并利用核苷酸序列如SEQ ID NO:1~SEQ ID NO:3所示的预扩增引物进行预扩增,再利用核苷酸序列如SEQ ID NO:4~SEQ ID NO:6所示的特异性文库引物构建文库。本发明所述方法实现在一个细胞内同时检测染色质三维结构和转录信息,且信息来源于真实的单细胞,并非模拟结果;同时无需高昂的高分辨显微镜设备即可实现大量的单细胞实施检测,有效推进染色质三维结构和转录的关系探究,为揭示细胞生命活动提供了有效的工具。