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- [发明专利]一种测序数据组装方法-CN201910146649.7有效
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马丰收;张艺;何飞;刘洋
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晶能生物技术(上海)有限公司
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2016-04-06
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2023-04-14
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G16B30/20
- 本发明涉及一种测序数据组装方法,使用光学图谱平台Irys得到基因组装文件;同时,拿到NGS的scaffold文件:fai文件;数据预处理:通过设定阈值,过滤掉可信度低的比对结果,合并cmap文件,排序,计算N50;组装效果统计:统计BioNano与NGS比对结果,包括BioNano的contig与NGS的scaffold长度、个数以及总量;根据BioNano的contig与NGS的scaffold之间的网络拓扑关系,分类分析组装出的新的contig长度与scaffold长度。可以辅助基因组组装,明显提高物种的基因组装效果。
- 一种序数组装方法
- [发明专利]一种高通量测序数据匹配方法-CN201410376285.9在审
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张艺;何飞;马丰收;邹晓文
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晶能生物技术(上海)有限公司
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2014-08-03
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2016-02-10
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G06F19/22
- 本发明属于在分子生物学技术领域,本发明属于分子生物信息检测领域,具体涉及在已有高通量DNA测序数据匹配基础上,基于环境平台修正因子增加测序数据的匹配数量,以提高测序数据的利用率的一种高通量DNA测序数据匹配方法。本发明包括:获取测序数据;初步匹配高通量DNA测序数据得到匹配成功数据集和匹配失败数据集;设置基于实验平台和环境的匹配修正因子k;用基于修正因子k的模型对匹配失败集中数据重新匹配;提取测序数据匹配失败集中成功匹配数据。本发明在原有高通量DNA测序数据匹配映射基础上,通过评估匹配失败测序数据集中数据发生成功匹配的可能,进一步增加成功匹配映射的数据数量,以提高测序数据的利用率。
- 一种通量序数匹配方法
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