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[发明专利]一种测序数据组装方法-CN201910146649.7有效
发明人： 马丰收;张艺;何飞;刘洋 -专利权人：晶能生物技术（上海）有限公司
申请日： 2016-04-06 - 公布日： 2023-04-14 - 主分类号： G16B30/20 文献下载
摘要：本发明涉及一种测序数据组装方法，使用光学图谱平台Irys得到基因组装文件；同时，拿到NGS的scaffold文件：fai文件；数据预处理：通过设定阈值，过滤掉可信度低的比对结果，合并cmap文件，排序，计算N50；组装效果统计：统计BioNano与NGS比对结果，包括BioNano的contig与NGS的scaffold长度、个数以及总量；根据BioNano的contig与NGS的scaffold之间的网络拓扑关系，分类分析组装出的新的contig长度与scaffold长度。可以辅助基因组组装，明显提高物种的基因组装效果。
一种序数组装方法

[发明专利]基于光学图谱平台Irys的一种de novo测序数据组装方法-CN201610211082.3有效
发明人： 马丰收;张艺;何飞;刘洋 -专利权人：晶能生物技术（上海）有限公司
申请日： 2016-04-06 - 公布日： 2019-03-29 - 主分类号： G16B20/30 文献下载
摘要：本发明涉及一种基于光学图谱平台Irys的一种denovo测序数据组装方法，使用光学图谱平台Irys得到基因组装文件；同时，拿到NGS的scaffold文件：fai文件；数据预处理：通过设定阈值，过滤掉可信度低的比对结果，合并cmap文件，排序，计算N50；组装效果统计：统计BioNano与NGS比对结果，包括BioNano的contig与NGS的scaffold长度、个数以及总量；根据BioNano的contig与NGS的scaffold之间的网络拓扑关系，分类分析组装出的新的contig长度与scaffold长度。可以辅助基因组组装，明显提高物种的基因组装效果。
基于光学图谱平台 irys 一种 de novo 序数组装方法

[发明专利]一种高通量测序数据匹配方法-CN201410376285.9在审
发明人：张艺;何飞;马丰收;邹晓文 -专利权人：晶能生物技术（上海）有限公司
申请日： 2014-08-03 - 公布日： 2016-02-10 - 主分类号： G06F19/22 文献下载
摘要：本发明属于在分子生物学技术领域，本发明属于分子生物信息检测领域，具体涉及在已有高通量DNA测序数据匹配基础上，基于环境平台修正因子增加测序数据的匹配数量，以提高测序数据的利用率的一种高通量DNA测序数据匹配方法。本发明包括：获取测序数据；初步匹配高通量DNA测序数据得到匹配成功数据集和匹配失败数据集；设置基于实验平台和环境的匹配修正因子k；用基于修正因子k的模型对匹配失败集中数据重新匹配；提取测序数据匹配失败集中成功匹配数据。本发明在原有高通量DNA测序数据匹配映射基础上，通过评估匹配失败测序数据集中数据发生成功匹配的可能，进一步增加成功匹配映射的数据数量，以提高测序数据的利用率。
一种通量序数匹配方法

[发明专利]突变体的高通量测序筛选方法-CN201410376286.3在审
发明人：张艺;马丰收;梁建伟;严冰冰 -专利权人：晶能生物技术（上海）有限公司
申请日： 2014-08-03 - 公布日： 2016-02-10 - 主分类号： C12Q1/68 文献下载
摘要：本发明属于在分子生物学技术领域，一种突变体的高通量测序筛选方法，其特征在于，包括：分离诱变群体每个成员的基因组DNA；集合所获得的DNA；使用高通量测序测定扩增产物的核苷酸序列；用一对引物从DNA集合中扩增目标序列的部分；通过聚类/联配片段的序列鉴定突变的序列；根据确定的突变序列鉴定具有突变的成员。可以在计算机中评定突变对基因功能的影响，意味着选择活性突变。可以选择仅产生沉默替换的突变，提高效率。该方法进一步避免了使用CELI消化、异源双链形成和繁琐的凝胶评分。因此，该发明对CELI技术伴随的集合限制是不敏感的。
突变体通量筛选方法

[发明专利]多微卫星位点检测试剂盒及检测方法-CN201110080802.4无效
发明人：唐辉;马丰收;刘东君;于希江;樊新忠;曾勇庆;姜运良;谭景和 -专利权人：山东农业大学
申请日： 2011-03-23 - 公布日： 2011-08-03 - 主分类号： C12Q1/68 文献下载
摘要：本发明涉及一种多微卫星位点检测试剂盒及检测方法，用于微卫星标记基因分型实验，以嵌套式PCR为基础利用毛细管电泳测序的方法检测微卫星，结果更客观，灵敏度更高。实验者不需要再合成带有荧光信号的微卫星引物，大大降低了合成引物的成本。PCR产物合理的混合，可以在后续的毛细管电泳检测中降低检测成本。本发明在实验者掌握普通PCR技术的情况下，能够快速的进行微卫星标记基因分型工作。
卫星检测试剂盒方法