[发明专利]一种与稻米垩白度相关的单倍型SNP分子标记及其检测方法与应用

说明书

本发明公开了一种与稻米垩白度相关的单倍型SNP分子标记及其检测方法与应用，所述单倍型SNP标记由SNP1和SNP2组成；所述SNP1所在基因组位置为水稻基因组第5号染色体5365892bp处，多态性为G或A；所述SNP2所在基因组位置为水稻基因组第5号染色体5371716bp处，多态性为G或A。本发明方案有助于稻米垩白度低的水稻品种的选育，对提升水稻品质，培育高品质的水稻进行商业育种具有重要意义。

技术领域

本发明属于农业分子生物学领域，具体涉及与一种与稻米垩白度相关的单倍型SNP分子标记及其检测方法与应用。

背景技术

垩白是稻米胚乳中白色不透明的部分，为胚乳淀粉粒之间存在空隙引起透光性改变所致。垩白度是稻米中垩白部位的投影面积占整个米粒投影面积的百分比，灌浆期高温尤其是夜间高温对垩白的形成有利)。垩白米严重影响稻米外观品质、加工品质、食味品质和营养品质，并直接关系到稻米的商品性和市场价值，高垩白的稻米现在已没有市场价值。

粳稻垩白度和透明度普遍优于籼稻，随着各项技术的提高，现在有些籼稻品种垩白度已经不比粳稻差，甚至更好。如两系杂交籼稻品种隆两优华占的垩白度只有不到1%。但籼稻的垩白度变化幅度较大，垩白粒率普遍较高，平均为53.0％，且垩白度高的品种垩白粒率相应的也高。粳稻的垩白米率平均为18.1％，垩白度2.0％。根据现行的稻米质量标准，一级优质米垩白粒率在10%以下，二级为11%-20%，三级为21%-30%，垩白粒率高于30%则为劣质米。

虽然现在的杂交稻产量已经达到较高水平，但稻米品质特别优良的品种很少，因此，如何快速、准确排除劣质水稻，选育低垩白的优质水稻品种是新时期育种家追求的主要目标。

发明内容

本发明旨在至少解决上述现有技术中存在的技术问题之一。为此，本发明提出一种与稻米垩白度相关的单倍型SNP分子标记。

本发明还提出上述单倍型SNP分子标记的检测方法。

本发明还提出一种水稻垩白度相关的分子标记方法。

本发明还提出上述单倍型SNP分子标记的应用。

根据本发明的第一方面实施方式的一种与稻米垩白度相关的单倍型SNP分子标记，所述单倍型SNP分子标记由SNP1和SNP2组成，其中，SNP1所在基因组位置为水稻基因组第5号染色体5365892bp处，多态性为G或A；SNP2所在基因组位置为水稻基因组第5号染色体5371716bp处，多态性为G或A。

在本发明的一些实施方式中，所述单倍型分子标记按SNP1、SNP2为GG纯合基因型时，对应的水稻具有高垩白度性状；当所述单倍型分子标记为杂合型时，对应的水稻具有中等垩白度性状；当所述单倍型分子标记为AA基因型时，对应的水稻具有低垩白度性状。

根据本发明第二方面实施方式的一种稻米垩白度相关的SNP分子标记的检测方法，所述方法包括如下步骤：将待测水稻进行序列测定，根据序列测定结果，对上述单倍型分子标记的基因型进行检测。

在本发明的一些实施方式中，所述序列测定采用全基因组重测序、靶向测序和多重PCR测序中的一种。

根据本发明的第三方面实施方式的一种水稻垩白度相关的分子标记的筛选方法，所述筛选方法包括如下步骤：对水稻进行全基因组测序，根据测序结果，采用全基因组关联分析及表型分析的方法进行水稻垩白度性状关联位点的定位后进行GWAS分析，在等位基因频率5%的SNP中挑选与水稻垩白度性状相关的SNP标记，得到位于水稻基因组第5号染色体5365892bp处的SNP1和位于水稻基因组第5号染色体5371716bp处的SNP2。

根据本发明的第四方面实施方式的上述单倍型SNP分子标记的应用，所述应用为单倍型SNP分子标记在水稻育种中的应用。

在本发明的一些实施方式中，所述应用为单倍型SNP分子标记在预测水稻品种垩白度中的应用。