[发明专利]一种与稻米垩白度相关的单倍型SNP分子标记及其检测方法与应用

权利要求书

1.一种与稻米垩白度相关的单倍型SNP分子标记，其特征在于，所述单倍型SNP分子标记由SNP1和SNP2组成；所述SNP1为如SEQ ID No.2所示的核苷酸序列，该序列的第771bp位置是G或A；所述SNP2为如SEQ ID No.1所示的核苷酸序列，该序列的第201bp位置是G或A。

2.根据权利要求1所述的单倍型SNP分子标记在水稻育种中的应用。

3.根据权利要求1所述的单倍型SNP分子标记在预测水稻品种垩白度中的应用。

4.一种稻米垩白度相关的分子标记的筛选方法，其特征在于，所述筛选方法包括如下步骤：对水稻进行全基因组测序，根据测序结果，采用全基因组关联分析及表型分析的方法，进行水稻垩白度性状关联位点的定位后，进行GWAS分析，在等位基因频率5%的SNP中挑选与水稻垩白度性状相关的SNP标记，得到位于水稻基因组第5号染色体5365892bp处，多态性为G或A的SNP1和位于水稻基因组第5号染色体5371716bp处，多态性为G或A的SNP2。

5.一种稻米垩白度相关的SNP分子标记的检测方法，其特征在于，所述检测方法包括如下步骤：将待测水稻进行序列测定，根据序列测定结果，对权利要求1所述的单倍型分子标记的基因型进行检测。

6.根据权利要求5所述的检测方法，其特征在于，序列测定采用全基因组重测序、靶向测序和多重PCR测序中的一种。

7.一种水稻育种方法，其特征在于，包括如下步骤：对水稻样品中的如权利要求1所述的单倍型SNP分子标记进行基因型检测，选择AA纯合型的水稻样品进行育种。

8.根据权利要求7所述的育种方法，其特征在于，对AA进行表型分析，选取具有低垩白度的水稻样品进行育种。