[发明专利]制备用于测序的模块化和组合核酸样品的系统和方法

权利要求书

1.一种制备具有模块化末端序列的核酸文库的方法，所述方法包括：

将一组不同模块化核酸标签与核酸样品组合，所述核酸样品包括多个双链靶核酸；

将所述双链靶核酸中的每一者的末端接合至选自所述一组不同模块化核酸标签的标签，以形成多个双重标记靶核酸；

扩增所述双重标记靶核酸中的每一者，从而制备具有模块化末端序列的核酸文库；以及

检测具有模块化末端序列的扩增核酸文库，

其中所述不同模块化核酸标签中的每一者均具有第一链和第二链，

其中所述第一链包括：i)定义所述第一链的5′末端的区段A，和ii)定义所述第一链的3′末端的区段B，

其中所述第二链包括：i)定义所述第二链的5′末端并与所述第一链的所述区段B互补的区段B′，和ii)定义所述第二链的3′末端并与所述第一链的所述区段A互补的区段A′，

其中不同模块化核酸标签中的每一者任选地包括区段C，所述区段C位于以下其中一项之间：i)所述区段A和所述区段B，以及ii)所述区段A′和所述区段B′，

其中所述区段A、A′、B、B′和C中的每一者均选自具有不同核酸序列的区段的集合，

其中所述区段的集合中的每个区段均具有至少10个核苷酸的确定序列，并且

其中所述区段的集合的特征在于成对编辑距离至少为3。

2.根据权利要求1所述的方法，其中所述不同模块化核酸标签中的每一者均在所述第一链和所述第二链之一上包括所述区段C。

3.根据权利要求1所述的方法，其中所述不同模块化核酸标签中的每一者均在所述第一链和所述第二链中的每一者上包括所述区段C。

4.根据权利要求1所述的方法，其中所述区段C包括发夹，其优选地包括茎区域和环区域。

5.根据权利要求1所述的方法，其中所述不同模块化核酸标签中的每一者进一步包括至少一个链切割位点。

6.根据权利要求5所述的方法，其进一步包括使所述双重标记靶核酸与切割剂接触，以在所述切割位点切割所述双重标记靶核酸，从而形成经切割的双重衔接化靶核酸。

7.根据权利要求1所述的方法，其进一步包括将所述双重标记靶核酸串联，从而形成串联的双重标记靶核酸。

8.根据权利要求7所述的方法，其进一步包括通过衔接子接合所述串联的双重标记靶核酸中的每一者的末端，从而形成多个双重衔接化串联体。

9.根据权利要求8所述的方法，其进一步包括扩增所述双重衔接化串联体中的每一者。

10.根据权利要求1所述的方法，其中通过连接接合至所述模块化核酸标签。

11.根据权利要求5所述的方法，其中所述切割位点包括一个或多个脱氧尿苷，并且所述切割剂包括尿嘧啶-DNA-N-糖基化酶(UNG)和核酸内切酶，所述核酸内切酶优选地选自核酸内切酶III、核酸内切酶IV和核酸内切酶VIII。

12.根据权利要求5所述的方法，其中所述切割位点包括一个或多个无碱基位点，并且所述切割剂包括选自核酸内切酶III、核酸内切酶IV和核酸内切酶VIII的核酸内切酶。

13.根据权利要求1所述的方法，其中所述模块化核酸标签包括核酸酶保护核苷酸，其优选地包括硫代磷酸基团。

14.根据权利要求1所述的方法，其中所述不同模块化核酸标签中的每一者进一步包括间断序列，所述间断序列包括至少三个嵌段，所述嵌段中的每一者由至少三个相同核苷酸的均聚体组成。