[发明专利]基因定位方法、装置、计算机设备及存储介质

说明书

本发明公开了一种基因定位方法、装置、计算机设备及存储介质。该基因定位方法通过获取待处理基因数据，所述待处理基因数据包括待检全基因组测序数据和待检转录组数据；对所述待检全基因组测序数据进行低频单核苷酸多态性筛选，获取初始基因列表；对所述初始基因列表和所述待检转录组数据进行基因共表达网络分析，获取联动基因列表；将所述初始基因列表和所述联动基因列表，投影到基因调控网络中，获取潜在异常模体；获取标准基因模体，对所述标准基因模体和所述潜在异常模体进行拓扑相似性计算，获取目标异常基因。本发明的基因定位方法可以实现对异常基因进行快速、精准地定位。

技术领域

本发明涉及基因检测技术领域，尤其涉及一种基因定位方法、装置、计算机设备及存储介质。

背景技术

当前遗传物质受到环境或者其他因素影响，会形成异常基因，这些异常基因可能是致病基因，例如，糖尿病致病基因等；也可能是具有特殊功能的基因，例如，植物抗病基因等。对这些异常基因精准定位，可辅助医护人员确定病症或者辅助研究人员进行研究，但某一遗传物质中，基因数量巨大，很难精准地定位到这些异常基因。

发明内容

本发明实施例提供一种基因定位方法、装置、计算机设备及存储介质，以解决由于基因数量巨大，难以精准地定位到目标异常基因的问题。

一种基因定位方法，包括：

获取待处理基因数据，所述待处理基因数据包括待检全基因组测序数据和待检转录组数据；

对所述待检全基因组测序数据进行低频单核苷酸多态性筛选，获取初始基因列表；

对所述初始基因列表和所述待检转录组数据进行基因共表达网络分析，获取联动基因列表；

将所述初始基因列表和所述联动基因列表，投影到基因调控网络中，获取潜在异常模体；

获取标准基因模体，对所述标准基因模体和所述潜在异常模体进行拓扑相似性计算，获取目标异常基因。

一种基因定位装置，包括：

待处理基因数据获取模块，用于获取待处理基因数据，所述待处理基因数据包括待检全基因组测序数据和待检转录组数据；

低频单核苷酸多态性筛选模块，用于对所述待检全基因组测序数据进行低频单核苷酸多态性筛选，获取初始基因列表；

基因共表达网络分析模块，用于对所述初始基因列表和所述待检转录组数据进行基因共表达网络分析，获取联动基因列表；

潜在异常模体获取模块，用于将所述初始基因列表和所述联动基因列表，投影到基因调控网络中，获取潜在异常模体；

目标异常基因获取模块，用于获取标准基因模体，对所述标准基因模体和所述潜在异常模体进行拓扑相似性计算，获取目标异常基因。

一种计算机设备，包括存储器、处理器以及存储在所述存储器中并可在所述处理器上运行的计算机程序，所述处理器执行所述计算机程序时实现上述基因定位方法的步骤。

一种计算机可读存储介质，所述计算机可读存储介质存储有计算机程序，所述计算机程序被处理器执行时实现上述基因定位方法的步骤。

上述基因定位方法、装置、计算机设备及存储介质，对所述待检全基因组测序数据进行低频单核苷酸多态性筛选，获取初始基因列表，可以有效地从待检全基因组测序数据中缩小检测范围，提高数据处理效率。对所述初始基因列表和所述待检转录组数据进行基因共表达网络分析，获取联动基因列表，以便后续进行异常基因定位，提高异常基因定位的效率。将所述初始基因列表和所述联动基因列表，投影到基因调控网络中，获取潜在异常模体，获取标准基因模体，对所述标准基因模体和所述潜在异常模体进行拓扑相似性计算，获取目标异常基因，从而快速、精准地定位到目标异常基因，从而帮助研究人员高效分析出目标异常基因的位置或者为医护人员判断疾病提供技术支持。