[发明专利]基于甲基化修饰的肿瘤标记物STAMP-EP7及其应用

说明书

本发明提供了一种甲基化肿瘤标记物STAMP‑EP7及其应用，属于疾病诊断标记物领域。本发明提供了甲基化肿瘤标记物STAMP‑EP7在制备肿瘤诊断试剂中的应用。本发明所述肿瘤标记物STAMP‑EP7，在所有肿瘤类型中均高甲基化，对应的正常组织中均低甲基化，具有非常高的敏感性与特异性，检测所述STAMP‑EP7的引物可用于制备肿瘤诊断试剂盒。

技术领域

本发明属于疾病诊断标记物领域，更具体地，本发明涉及基于甲基化修饰的肿瘤标记物STAMP(Specific Tumor Aligned Methylation of Pan-cancer)及其应用。

背景技术

肿瘤被认为是一种遗传性疾病的观念在本领域持续几十年。人类几次系统的大规模测序证实了癌组织中体细胞的突变数量明显少于预期，这些结果暗示了癌症并非简单的遗传性疾病。

为了实现肿瘤的诊断，近年来许多新型的肿瘤标记物被发现并用于临床诊断。1980年之前，肿瘤标记物主要是一些激素、酶类、蛋白质等细胞分泌物，例如癌胚抗原(CEA)、甲胎抗原(AFP)等可以作为胃癌和肝癌等多种肿瘤的标记物，糖类抗原125(CA125)可以作为宫颈癌的标记物，前列腺特异性抗原(PSA)可作为前列腺癌标记物，目前这一类肿瘤标记物虽然临床仍在用，但其敏感性与准确性已难以满足临床需求。

越来越多的证据表明，表观遗传调控的细小变化在肿瘤中的重要作用。表观遗传学是研究基因在不发生DNA序列改变的情况下，基因功能发生的可遗传的变化，并最终导致了表型的变化的一门学科。表观遗传学主要包括DNA甲基化(DNA methylation)，组蛋白修饰(histone modification)，microRNA水平变化等生化过程。DNA甲基化是表观遗传学机制之一，其是指生物体内在DNA甲基转移酶(DNA methyltransferase，DMT)的催化下，以S-腺苷甲硫氨酸(SAM)为甲基供体，将甲基转移到特定的碱基上的过程。在哺乳动物中DNA甲基化主要发生在5’-CpG-3’的C上，生成5-甲基胞嘧啶(5mC)。

液体活检技术是以血中循环肿瘤细胞或循环肿瘤DNA为检测靶标对肿瘤进行诊断和预测的技术。该技术存在诸多不足：首先，敏感性与特异性不够高，肿瘤本身有很大的异质性，包含多种亚型的细胞群，而临床样本尤其是血液样本，肿瘤DNA所占比例非常小，现有的肿瘤标记物难以满足临床要求的敏感性，在临床容易造成误诊；其次，一种标记物只针对一种或少数几种肿瘤有较好效果，而血液中的DNA来源非常复杂，因此现有的肿瘤标记物无法应对复杂的肿瘤来源、转移等问题。由于这些复杂情况的存在，使得很多DNA甲基化肿瘤标记物在应用于临床时难以有统一的使用标准，严重影响标记物的敏感度以及准确性。

在本发明人的前期研究中，找到了一部分基于甲基化修饰的肿瘤标记物，但是，仍然有必要找到更多的新型肿瘤标记物，从而为肿瘤的诊断提供更多的途径。

发明内容

本发明的目的在于提供以DNA甲基化修饰作为肿瘤标记物，利用肿瘤中特异性位点异常高甲基化现象来检测肿瘤的方法。

在本发明的第一方面，提供分离的多核苷酸，包括：(a)SEQ ID NO:1所示核苷酸序列的多核苷酸；(b)(a)的多核苷酸的片段，且其中存在至少1个修饰的CpG位点(如2～77个，更具体如3，5，10，15，20，25，30，40，50，60，70个)；和/或(c)与上述(a)或(b)的多核苷酸或片段互补的核酸(如SEQ ID NO:3所示核苷酸序列的多核苷酸)。

在一个优选例中，所述修饰包括5-甲基化修饰、5-羟甲基化修饰、5-醛甲基化修饰或5-羧甲基化修饰。

在另一优选例中，(b)中，所述的多核苷酸的片段中存在：SEQ ID NO:1中第281～309位(包含017～020号甲基化位点)或第282～308位碱基(包含017～020号甲基化位点)；

SEQ ID NO:1中第1～389位碱基(包含001～025号甲基化位点)；或