[发明专利]16S rDNA微生物菌种鉴定用引物系统、试剂盒和应用

说明书

本发明公开了一种能够提高检测效率的16S rDNA微生物菌种鉴定用引物系统、试剂盒和应用。该16S rDNA微生物菌种鉴定用引物系统的第一引物组中上游引物的序列从5’端至3’端依次为第一上游接头序列、key序列、barcode序列、gap序列以及第一上游特异性序列，第一引物组中的下游引物从5’端至3’端依次为第一下游接头序列以及第一下游特异性序列，第二引物组中上游引物的序列从5’端至3’端依次为第二上游接头序列以及第二上游特异性序列，第二引物组中的下游引物从5’端至3’端依次为第二下游接头序列、key序列、barcode序列、gap序列以及第二下游特异性序列，在PCR扩增时，可以直接进行一步多重PCR扩增，就可以得到所需要的测序文库，因而可以提高菌种鉴定的效率。

技术领域

本发明涉及生化检测领域，尤其是涉及一种16S rDNA微生物菌种鉴定用引物系统、试剂盒和应用。

背景技术

微生物菌种鉴定一直是生化检测领域的研究热点。如何快速有效的鉴定出微生物的门、纲、目、科、属或种信息是目前亟需解决的技术问题。16S rDNA是编码原核生物核糖体小亚基16S rRNA相对应的DNA序列，存在于所有原核生物基因组中，含量大约占基因组DNA的80％，分子大小约1540bp。16S rDNA包含10个保守区域(constant region)和9个高变区域(hypervariable region)，其中，保守序列区域反映了生物物种间的亲缘关系，而高变序列区域则能体现物种间的差异。这样的特点使得16S rDNA成为微生物菌种鉴定的标准识别序列。随着新一代测序(NGS)技术的快速发展，越来越多的微生物的16S rDNA序列被测定并收入国际基因数据库中，以16S rDNA作为目标序列进行微生物菌种鉴定，所得分类结果更为可靠。然而，传统的微生物菌种鉴定方法普遍存在耗时长的问题，限定了应用。

发明内容

基于此，有必要提供一种能够提高检测效率的16S rDNA微生物菌种鉴定用引物系统、试剂盒和应用。

一种16S rDNA微生物菌种鉴定用引物系统，包括第一引物组和第二引物组；所述第一引物组中上游引物的序列从5’端至3’端依次为第一上游接头序列、key序列、barcode序列、gap序列以及第一上游特异性序列，所述第一引物组中的下游引物从5’端至3’端依次为第一下游接头序列以及第一下游特异性序列；所述第二引物组中上游引物的序列从5’端至3’端依次为第二上游接头序列以及第二上游特异性序列，所述第二引物组中的下游引物从5’端至3’端依次为第二下游接头序列、key序列、barcode序列、gap序列以及第二下游特异性序列。

在其中一个实施例中，所述第一上游接头序列与所述第二下游接头序列相同；

所述第一下游接头序列与所述第二上游接头序列相同；

所述第一引物组和所述第二引物组中的所述key序列及所述gap序列均相同。

在其中一个实施例中，所述第一上游接头序列与所述第二下游接头序列均如序列表中SEQ ID NO.1所示；

所述第一下游接头序列与所述第二上游接头序列均如序列表中SEQ ID NO.2所示；

所述key序列如序列表中SEQ ID NO.3所示；

所述barcode序列选自序列表中SEQ ID NO.4～SEQ ID NO.99中的任一种；

所述gap序列如序列表中SEQ ID NO.100所示。

在其中一个实施例中，所述第一引物组和所述第二引物组中相同的barcode序列对应的所述第一上游特异性序列与所述第二上游特异性序列相同，且相同的barcode序列对应的所述第一下游特异性序列与所述第二下游特异性序列相同。

在其中一个实施例中，所述第一上游特异性序列与所述第二上游特异性序列均如序列表中SEQ ID NO.101所示；