[发明专利]大豆抗炸荚主效QTLqPD08-1及其定位方法和应用

说明书

本发明提供了大豆抗炸荚主效QTLqPD08‑1及其定位方法和应用，属于QTL定位、分子标记开发以及在大豆品种资源基因型鉴定及育种选择等方面的利用领域。大豆抗炸荚主效QTLqPD08‑1被定位在大豆第8号染色体上，物理位置为35560353～38482164之间。大豆抗炸荚主效QTL的定位方法，利用SLAF‑seq测序技术，在大豆全基因组水平上筛选SLAF标记，发掘本群体中与炸荚相关的QTLs。利用炸荚大豆和抗炸荚大豆为亲本的RIL7群体为材料，构建覆盖大豆全基因组的高密度遗传连锁图谱，对该群体的抗炸荚性状进行QTL定位，获得和抗炸荚相关的QTLs，除此之外，高密度遗传图谱的构建以及确定本群体特有的炸荚相关的新的QTLs，为大豆有效的QTL定位提供了参考。

技术领域

本发明属于QTL定位领域，具体涉及大豆抗炸荚主效QTLqPD08-1及其定位方法和应用。

背景技术

炸荚对于具有荚果的野生植物的种子传播是必不可少的，对野生植物来说，种子传播是野生植物生存繁衍的一个必须过程，它为后代提供了充足的生长空间和在不同环境条件下存活的机会(Fuller 2007)。然而，在栽培作物中，炸荚将导致严重减产，因为种子炸荚不能进行收获。在农民种植和收获期间，希望在收获前保留荚，抗炸荚是与作物产量相关的无意识选择的一个性状(Hancock and Hancock 2003；Harlan et al.1973)。因此在作物驯化过程中，抗炸荚是一个重要的驯化性状(Hideyuki et al.2012)。尽管在作物驯化期间，我们严格筛选，避免炸荚，但在收获前炸荚仍是育种中需要亟待解决的问题(Christiansen et al.2002)。尽管作物抗炸荚在遗传育种中取得了很大进展，但是关于作物抗炸荚的基因知之甚少(Funatsuki et al.2014)。

在过去的20年中，已经确定了一系列与大豆炸荚相关的QTL位点。迄今为止，大量研究使用RFLP(Bailey et al.1997)和SSR标记(Funatsuki et al.2006)等方法，利用重组自交系定位大豆炸荚相关QTLs，表明大豆炸荚是由主效QTL和一些微效QTLs控制的。由于群体的遗传背景不同，不同的基因控制炸荚，抗炸荚特性体现为单个隐性主效基因或者多个基因控制(Kang et al.2005)。Bailey等人利用重组自交系(RILS)首次发现了存在于16号染色体上的一个主效QTL，并且发现了一些微效QTLs，分别位于2号，15号，19号染色体上(Bailey et al.1997)，经过精细定位，候选基因Glyma16g25580控制炸荚，并命名为Pdh1(Pod dehiscence 1)(Funatsuki et al.2014)。同时，研究发现了大豆中的一个主效NAC基因Glyma.16g019400，命名为SHAT1-5，也调控大豆炸荚(Dong et al.2014)。Kang等人通过两组RILs，使用SSR标记，重新定位到了三个新的微效QTLs，分别位于5号，10号和14号染色体上(Kang et al.2009)。

发明内容

有鉴于此，本发明的目的在于提供一种新的大豆抗炸荚主效QTLqPD08-1及其定位方法和应用，使所述抗炸荚主效QTLqPD08-1具有好的稳定性。

为了实现上述发明目的，本发明提供以下技术方案：

本发明提供了大豆抗炸荚主效QTLqPD08-1，所述qPD08-1被定位在大豆第8号染色体上，物理位置为35560353～38482164之间；

所述35560353～38482164的遗传距离为65.316～65.971cM。

本发明提供了所述的大豆抗炸荚主效QTLqPD08-1的定位方法，包括以下步骤：

(1)以炸荚大豆和抗炸荚大豆为亲本构建第五代和第六代重组自交系，将炸荚大豆、抗炸荚大豆与第五代重组自交系同时播种，将炸荚大豆、抗炸荚大豆与第六代重组自交系同时播种，得到两年的炸荚大豆、抗炸荚大豆和重组自交系大豆样本；