[发明专利]基因序列读取方法及读取系统

权利要求书

1.一种基因序列读取方法，其特征在于，所述分析方法包括如下步骤：

根据原始基因序列的相关信息，确定合适的纠错算法，并使用所述纠错算法对所述原始基因序列进行纠错，得到待处理基因序列；

根据预设的进程数量以及所述待处理基因序列的总大小，将所述待处理基因序列进行分块处理，得到多个分块基因序列；以及，

并发读取所述分块基因序列。

2.根据权利要求1所述的基因序列读取方法，其特征在于，所述根据预设进程数量以及所述待分析基因序列的总大小，将待处理基因序列进行分块处理，包括：

初始化基因序列并行分割程序；

获取所述待分析基因序列的总大小size；

根据预设的进程数量p以及所述待分析基因序列的总大小size，确定分块大小size/p，根据所述分块大小size/p对所述待分析基因序列进行分块处理，得到所述多个分块基因序列。

3.根据权利要求2所述的基因序列读取方法，其特征在于，所述根据预设进程数量p以及所述待分析基因序列的总大小size，确定分块大小size/p，根据所述分块大小size/p对所述待分析基因序列进行分块处理，包括：

设定进程i的分块基因序列的起始位置为i*size/p，终止位置为(i+1)*size/p；

寻找所述起始位置后的第一个序列的开始点start(i)，所述终止位置后的第一个序列的开始点或者文件终止符end(i)；

确定进程i的分块基因序列在所述待分析基因序列中的起始地址为start(i)，终止地址为end(i)的基因序列。

4.根据权利要求3所述的基因序列读取方法，其特征在于，所述并发读取所述多个分块基因序列，包括：

对所述分块基因序列的起始地址和终止地址进行视图分块处理；

并发读取所述分块基因序列的序列数据到内存。

5.根据权利要求1～4中任一项所述的基因序列读取方法，其特征在于，所述基因序列的纠错步骤、分块处理步骤以及读取步骤是并发执行的。

6.根据权利要求1～5中任一项所述的基因序列读取方法，其特征在于，在所述根据原始基因序列的相关信息，确定合适的纠错算法之前，还包括：

接收所述原始基因序列的相关信息。

7.一种基因序列读取系统，其特征在于，所述系统包括：

纠错模块，用于根据原始基因序列的相关信息，确定合适的纠错算法，并使用所述纠错算法对所述原始基因序列进行纠错，得到待处理基因序列；

多个分块处理模块，每个所述分块处理模块均用于根据预设的进程数量以及所述待处理基因序列的总大小，将所述待处理基因序列进行分块处理，得到分块基因序列；

多个读取模块，每个所述读取模块均用于读取所述分块基因序列。

8.根据权利要求7所述的读取系统，其特征在于，每个所述分块处理模块包括：

初始化单元，用于初始化基因序列并行分割程序；

获取单元，用于获取所述待分析基因序列的总大小size；

分块处理单元，用于根据预设的进程数量p以及所述待分析基因序列的总大小size，确定分块大小size/p，根据所述分块大小size/p对所述待分析基因序列进行分块处理，得到所述多个分块基因序列。

9.根据权利要求7所述的读取系统，其特征在于，所述分块处理单元，具体用于：设定进程i的分块基因序列的起始位置为i*size/p，终止位置为(i+1)*size/p；寻找所述起始位置后的第一个序列的开始点start(i)，所述终止位置后的第一个序列的开始点或者文件终止符end(i)；确定进程i的分块基因序列在所述待分析基因序列中的起始地址为start(i)，终止地址为end(i)的基因序列。

10.根据权利要求7至9中任一项所述的读取系统，其特征在于，所述纠错模块、分块处理模块以及读取模块的操作是并发执行的。