[发明专利]一种检测miRNA来源的方法

说明书

本发明提供了一种检测miRNA来源的方法，包括以下步骤：1)提供物种的待检测miRNA前体序列的信息；2)提供假基因数据库中所述物种的假基因信息；3)将所述待检测miRNA前体序列与所述物种假基因的核苷酸序列的物理位置比较是否重合，将与待检测miRNA前体序列具有重合度的假基因确定候选假基因；4)根据待检测miRNA前体序列与所述物种基因组的假基因序列在染色体所在的物理位置计算两类序列的重合度I；5)当所述重合度I符合1≧I0.3条件时，确定待检测miRNA是由所述候选假基因所产生。本发明不仅填补了miRNA和假基因两者关系的研究空白，还可以批量发掘基因组中具有潜在生物功能的假基因，为基因调节网络的构建提供候选假基因。

技术领域

本发明涉及生物信息学和基因组学技术领域，具体涉及一种检测miRNA来源的方法。

背景技术

miRNA又称microRNA，是一类广泛存在于动物、植物和病毒等多种有机体内、大小为21-25nt的内源性非编码单链小分子RNA。大多数miRNA基因首先转录生成初级转录本primiRNA(primary microRNA)，通过特定的选择性剪切形成具有茎环结构的前体premiRNA(precursor microRNA)；而后再次剪切，最终产生成熟miRNA。因此，miRNA前体序列即为产生成熟miRNA的来源序列。miRNA具有重要的调控功能，如在植物体中，miRNA主要负责调控植物生长、发育和胁迫耐受性等。目前，miRNA的鉴定和生物功能研究工作已取得很大进展。但是，miRNA的分类及其来源鲜有报道。

假基因是指与功能基因的核苷酸序列具有高度相似性且存在提前出现的终止密码子或者移码突变的一类核苷酸序列。假基因的产生主要有两条途径，其中一种是通过在基因组DNA复制过程中复制后的基因片段无法进行正常编码，而形成的沉默的冗余片段；另一种途径是由mRNA转录物反转录成cDNA后随机整合到基因组中，在长期进化选择过程中因随机突变积累而形成假基因。

目前的研究表明，部分假基因不仅能够转录，还可产生功能RNAs，并可通过多种机制调控其他基因的表达，从而具有重要的生物学功能。另外，在真菌、昆虫、无脊椎动物和植物等许多分类单元中，都已经发现假基因的存在可以混淆系统发育和群体遗传研究，得出错误的结果。为了避免假基因对物种不同研究方面的影响，检测及预测研究对象中目的片段是否存在假基因是减少假基因影响的主要的方法。目前大部分的研究仅局限于某些动物基因组假基因的鉴定，至今尚无研究来源于假基因的miRNA检测方法的相关报道。

目前，尚无假基因与miRNA之间关系的研究，现有技术中缺乏一套标准地检测由假基因转录得到的miRNA的方法。

发明内容

有鉴于此，本发明的目的在于一种检测miRNA来源的方法，不仅能够填补现有技术中鉴定miRNA来源的空白，还能够运用此方法批量发掘基因组中具有潜在生物功能的假基因，从而避免现有技术在目标假基因选择方面的盲目性大、发掘数量有限的问题。

为了实现上述发明目的，本发明提供以下技术方案：

本发明提供了一种检测miRNA来源的方法，包括以下步骤：

1)提供物种的待检测miRNA前体序列的信息；

2)提供假基因数据库中所述物种的假基因信息；

3)将所述待检测miRNA前体序列与所述物种假基因的核苷酸序列的物理位置是否重合，将与miRNA前体序列物理位置具有重合度的假基因确定候选假基因；

4)根据待检测miRNA前体序列与所述物种基因组的假基因序列在染色体所在的物理位置计算两类序列的重合度I；

5)当所述步骤4)得到的重合度I符合1≧I0.3条件时，确定待检测miRNA是否由所述步骤3)得到的候选假基因所产生；

所述步骤1)和步骤2)之间没有时间顺序限定，所述步骤3)和步骤4)之间没有时间顺序限定。