[发明专利]一种基因蛋白质序列关系分析系统及方法

说明书

技术领域

本发明涉及生物技术领域，尤其涉及一种基因蛋白质序列关系分析系统及方法。

背景技术

由于生物数据的复杂性和高维性，既不能以数字公式表示，也不能以逻辑公式表示，故对这些序列的研究大多是基于统计工具。此外，通过数据的可视化，帮助人们认识和理解生物序列，进而分析和解释数据，使人们从表面上看来是杂乱无章的海量数据中找出隐藏的规律，为科学发现提供依据。所以，现在很多学者都开始借助各种可视化工具，以图、树、方体、链的形式展现其复杂结构和序列模式，以求直观地表达生物序列的理论结构与区别。同时，将经过数据挖掘工具得到的数据结果也以图形、图像的形式展现给用户，便于用户寻找数据间的规律和关系。序列的背景信息对于研究序列的进化关系与分类非常关键。然而，目前的工具，均不能利用序列的背景信息和自由选择分析的算法，导致结果的分析与解释不容易进行。而且显示结果只能以一种颜色的方式来表现，用户不能任意改变颜色设置，对用户造成极大的不便。

发明内容

为了解决上述技术问题，本发明的目的是提供一种能自由选择分析算法，并且能更直观地显示结果的一种基因蛋白质序列关系分析系统。

本发明的另一个目的是提供一种能自由选择分析算法，并且能更直观地显示结果的一种基因蛋白质序列关系分析方法。

本发明所采用的技术方案是：

一种基因蛋白质序列关系分析系统，包括：

文件选择模块，用于选择要读取的文件；

序列文件分析模块，用于对序列文件进行分析；

序列距离分析模块，用于计算序列间的距离，得出距离关系矩阵；

MDS分析模块，用于对距离关系矩阵进行分析；

结果显示模块，用于对分析的结果进行分类和显示。

作为所述的一种基因蛋白质序列关系分析系统的进一步改进，所述的序列文件分析模块包括：

文件读取模块，用于读取序列文件；

头文件分析模块，用于将头文件存入数据结构，并对其进行分隔；

字段选择模块，用于选择后续结果显示时需要的字段。

作为所述的一种基因蛋白质序列关系分析系统的进一步改进，所述的MDS分析模块包括：

算法选择模块，用于选择要调用的算法；

降维模块，用于对距离关系矩阵进行降维。

作为所述的一种基因蛋白质序列关系分析系统的进一步改进，所述的结果显示模块包括：

标识选择模块，用于选择标识的形状和颜色；

序列显示模块，用于以选择的形状和颜色标识出各个序列在二维坐标系中的位置；

序列分类模块，用于对序列进行分类。

本发明所采用的另一个技术方案是：

一种基因蛋白质序列关系分析方法，包括以下步骤：

A、选择要读取的文件；

B、对序列文件进行分析；

C、计算序列间的距离，得出距离关系矩阵；

D、对距离关系矩阵进行分析；

E、对分析的结果进行分类和显示。

作为所述的一种基因蛋白质序列关系分析方法的进一步改进，所述的步骤B包括：

B1、读取序列文件；

B2、将头文件存入数据结构，并对其进行分隔；

B3、选择后续结果显示时需要的字段。

作为所述的一种基因蛋白质序列关系分析方法的进一步改进，所述的步骤D包括：

D1、选择要调用的算法；

D2、对距离关系矩阵进行降维。

作为所述的一种基因蛋白质序列关系分析方法的进一步改进，所述的步骤E包括：

E1、选择标识的形状和颜色；

E2、以选择的形状和颜色标识出各个序列在二维坐标系中的位置；

E3、对序列进行分类。

本发明的有益效果是：

本发明一种基因蛋白质序列关系分析系统，通过文件选择模块、序列文件分析模块、序列距离分析模块、MDS分析模块和结果显示模块，选择要读取的文件，对序列文件进行分析，计算序列间的距离，得出距离关系矩阵，对距离关系矩阵进行分析，对分析的结果进行分类和显示，使得用户可以根据需求选择合适的算法进行降维，从而避免损失必要的信息，能单独对序列背景信息进行挖掘和分类，并且提供了多种图形以及丰富的颜色供用户自由选择，从而能更好更直观地显示序列的背景信息。

本发明的另一个有益效果是：