[发明专利]CYP450基因型别数据库及基因分型、酶活性鉴定方法

说明书

技术领域

本发明涉及基因检测领域，特别涉及一种CYP450的标准基因型别数据库，以及CYP450基因分型方法、酶活性鉴定方法。

背景技术

细胞色素P450简称CYP450，目前已经从人体中鉴定出了57种CYP450氧化酶，其中参与药物代谢主要集中于CYP1、CYP2及CYP3家族，参与代谢目前90％以上的药物。CYP450在药物代谢中的重要作用导致CYP450基因多态性成为影响药物个体差异的最重要因素之一，其多态性包括点突变、插入或缺失、整个基因的缺失或复制，最终导致酶的活性增强、减弱或完全缺失。CYP450多态性可导致在标准的药物剂量下可能产生个体严重的副反应或不起作用。比如，华法林(warfarin)作为目前的一线口服抗凝药，其预防和治疗血栓栓塞的作用效果和口服给药的便利性和经济性是显而易见的，但是华法林治疗窗口很窄，且给药各个体差异和种族差异很大，要达到同样的作用效果，高低剂量可相差10倍以上。研究表明，这与个体间的CYP2C9的基因多态性密切相关。再如，广泛用于治疗乳腺癌和卵巢癌的他莫昔芬(tamoxifen)需要经过一系列的CYP450酶类代谢，才最终形成有活性的产物发挥治疗效果，其中CYP2D6的基因型是影响他莫昔芬疗效的主要限制因素，其缺陷型可导致无病生存期变短，而CYP2D6强代谢型只需要较小剂量的他莫昔芬即可达到同样的效果。

越来越多的研究显示，CYP450基因除了影响药物代谢外，其基因多态性与许多疾病的发生紧密相关。在先天性肾上腺皮质增生症中，CYP21B基因缺陷占病因90％-95％左右，CYP11B1基因突变约占5％，CYP17A1、CYP11A1的缺陷型突变也可导致此疾病的发生。

CYP450在代谢以及疾病发生中的重要作用，使得CYP450基因多态性的检测具有非常重要的社会意义和研究价值。

但是，目前对于CYP450突变检测的技术主要集中于单个或几个P450基因的已知突变；并且，各研究中的突变位点都是相对各自特定的序列而言的，彼此之间缺乏统一衡量比较的标准。另外，现有的CYP450检测方法对CYP450基因中仍然存在的未知突变位点检测效率不高；需要对大量样本进行检测时，耗时长，不能很好的满足研究和实践应用的需要。

发明内容

本发明的目的是提供一种CYP450基因型别的标准数据库及其构建方法，以及基于该数据库的快速检测CYP450基因型的方法和CYP450酶活性鉴定方法。

为实现上述目的，本发明采用了以下技术方案：

本发明公开了一种构建CYP450基因标准型别数据库的方法，包括以下步骤：将CYP450基因型别的突变信息对应的特定序列与人类全基因组标准序列进行比对，获得CYP450特定序列与人类全基因组标准序列在每个碱基位置上的对应关系；根据所获得的对应关系，将CYP450基因型转换成以人类全基因组标准序列为参考序列的基因型，获得CYP450基因的标准化基因型别。

优选的，CYP450基因包括选自CYP11A1、CYP11B1、CYP11B2、CYP17A1、CYP1A1、CYP1A2、CYP1B1、CYP20A1、CYP21A2、CYP24A1、CYP26A1、CYP26B1、CYP26C1、CYP27A1、CYP27B1、CYP27C1、CYP2A13、CYP2A6、CYP2A7、CYP2B6、CYP2C18、CYP2C19、CYP2C8、CYP2C9、CYP2D6、CYP2E1、CYP2F1、CYP2J2、CYP2R1、CYP2S1、CYP2U1、CYP2W1、CYP39A1、CYP3A4、CYP3A43、CYP3A5、CYP3A7、CYP46A1、CYP4A11、CYP4A22、CYP4B1、CYP4F11、CYP4F12、CYP4F2、CYP4F22、CYP4F3、CYP4F8、CYP4V2、CYP4X1、CYP4Z1、CYP51A1、CYP5A1、CYP7A1、CYP7B1、CYP8A1、CYP8B1、POR等58个人类CYP450基因的至少一种；

进一步的，还包括步骤，将CYP450基因定位于人类全基因组标准序列上，确定CYP450基因编码序列的起始位置和终止位置，获得CYP450基因型别突变信息对应的特定序列；

优选的，所述CYP450基因型别突变信息对应的特定序列包含CYP450基因编码序列的起始位置上游5000bp至编码序列终止位置下游500bp区域的DNA片段；

优选的，所述人类全基因组标准序列为hg19。