本发明提供一种处理高纤维物料的堆肥菌剂复配方法及其应用,属于环境微生物技术领域。具体步骤是:分别提取堆肥原料和备选菌剂的DNA,利用荧光定量PCR分别扩增其16 S DNA和纤维素酶基因,以16 S DNA作为内参,根据溶解曲线法计算菌剂中纤维素酶基因的相对含量。当相对含量大于0.05时,该菌剂适用于该堆体的堆肥化处理,当相对含量小于0.05时,需要向菌剂中添加具有纤维素降解功能的细菌。该方法可评价菌剂的适用性,较盲目施加菌剂具定向、精准、灵活的优势,显著提高了菌剂的功效。在牛粪等高纤维物料的堆肥资源化方面具有广阔的应用前景。