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[发明专利]一种利用高通量测序单通道复用技术进行mRNA表达谱测定的方法-CN200910049382.6无效
发明人：刘极龙;曾华宗 -专利权人：上海聚类生物科技有限公司
申请日： 2009-04-15 - 公布日： 2010-10-20 - 主分类号： C12Q1/68 文献下载
摘要：一种在适用于超高通量新一代测序的单通道复用技术，可以在单通道中同时定量多个样本mRNA表达谱：在现有的超高通量新一代测序方法(如Illumina公司的Solexa测序平台、Roche公司的454测序平台)的基础上，通过改进流程，用条码标记技术对不同的生物样本进行标记，标记后将样本等量混合，然后进行超高通量测序。通过数据分析和解码，可以在同一个通道中同时获得多个样本的mRNA表达谱的定量数据。该方法可以在高通量测序仪器的单个测序通道中同时测定2到15个生物样品的mRNA表达量。
一种利用通量测序单通道技术进行 mrna 表达测定方法

[发明专利]使用批量测序数据指导单细胞测序数据的分析-CN202180009949.6在审
发明人：吴捷;张贻谦 -专利权人：皇家飞利浦有限公司
申请日： 2021-01-13 - 公布日： 2022-09-16 - 主分类号： C12Q1/6869 文献下载
摘要：一种系统(400)，被配置为从单细胞样品生成变异谱和基因表达谱，包括：变异验证数据和基因表达比较数据；单细胞DNA测序数据，包括多个经证实的变异；单细胞RNA测序数据，包括针对样品的基因表达谱；处理器(420)，被配置为：(i)通过以下方式使用变异验证数据验证已标识的变异：将已标识的变异与验证数据进行比较；以及如果变异对应于验证数据，则将经验证的分类状态分配给变异；(ii)将所获得的基因表达数据与所获得的表达比较数据进行比较；以及(iii)基于该比较并且使用投影函数生成针对单细胞样品的最终基因表达谱；以及用户接口(440)，被配置为提供包括已标识的变异和所生成的最终基因表达谱的报告。
使用批量序数指导单细胞分析

[发明专利]应用二代测序技术分析牙髓干细胞与根尖牙乳头干细胞差异miRNAs表达谱的方法-CN201710696934.7在审
发明人：吕红兵;林诗晗;胡雪刚;邱在玲 -专利权人：福建医科大学附属口腔医院
申请日： 2017-08-15 - 公布日： 2017-10-20 - 主分类号： C12Q1/68 文献下载
摘要：本发明提供一种应用二代测序技术分析牙髓干细胞与根尖牙乳头干细胞差异miRNAs表达谱的方法，制备牙髓干细胞和根尖牙乳头干细胞的单细胞悬液，从单细胞悬液中分选对数生长期的细胞，并采用STRO‑1‑PE标记，经免疫磁珠分选收集STRO‑1阳性细胞即为所需的牙髓干细胞和根尖牙乳头干细胞，经RNA提取，然后应用二代测序技术检测两种干细胞miRNAs表达谱。本发明通过利用高通量的二代测序技术分析干细胞的miRNAs表达谱，对于检测牙髓干细胞与根尖牙乳头干细胞中的差异miRNAs表达谱，了解干细胞特性，具有深远的意义。
应用二代技术分析牙髓干细胞根尖乳头差异 mirnas 表达方法

[发明专利]用于数字基因表达谱的标签及其使用方法-CN201010299248.4有效
发明人：章文蔚;张艳艳;田方;于竞;龚梅花 -专利权人：深圳华大基因科技有限公司;深圳华大基因研究院
申请日： 2010-09-21 - 公布日： 2012-04-11 - 主分类号： C12N15/11 文献下载
摘要：本发明基于目前illumina公司提供的Solexa Single End测序平台，针对数字基因表达谱文库(DGE)样品建库方法，设计了独特的标签序列(index1-12)，通过接头将标签嵌DGE文库的3’接头中，成功的建立了数字基因表达谱标签文库(DGE标签文库)的建库方法，适合任何真核生物RNA样品的DGE标签文库构建，并成功用于solexa测序，不仅增大了DGE样品的测序通量，而且降低了solexa针对DGE测序的费用。
用于数字基因表达标签及其使用方法

[发明专利]一种鉴定顺式和反式调控作用的方法和系统-CN201010614962.8有效
发明人：宋驰;徐讯 -专利权人：深圳华大基因科技有限公司
申请日： 2010-12-30 - 公布日： 2011-08-17 - 主分类号： C12Q1/68 文献下载
摘要：该方法包括：选择两个亲本及其杂交分离子代群体进行重测序，将测序得到的片段比对到参考基因组上确定有效SNP位点；通过滑动窗口方法构建SNP-block图，以确定子代染色体的亲本来源；对两个亲本及其杂交分离子代群体进行表达谱测序，确定具有显著性差异的基因；根据基因在两个亲本和杂交分离子代群中表达量的差异情况结合SNP信息确定顺式和反式调控作用。本发明提供的方法和系统，应用新一代测序技术，通过重测序和表达谱测序相结合的方法，在全基因组水平鉴定顺式和反式调控作用。与传统技术方案相比，在SNP检测水平，基因表达量检测的准确性和敏感性方面都有了很高的提升。
一种鉴定顺式反式调控作用方法系统

[发明专利]提高母猪繁殖力的胚胎附植期子宫内膜关键基因鉴定方法-CN202011335481.3在审
发明人：付言峰;王学敏;李碧侠;赵为民;任守文;徐小波;俞正玉;涂枫;廖超 -专利权人：江苏省农业科学院
申请日： 2020-11-25 - 公布日： 2021-02-26 - 主分类号： G16B20/30 文献下载
摘要：本发明提供一种提高母猪繁殖力的胚胎附植期子宫内膜关键基因鉴定方法，利用胚胎附植前期和中期的4头苏紫猪母猪，屠宰后采集其子宫内膜附植点组织，进行高通量测序数字基因表达谱分析，包括：测序数据过滤和碱基分布、序列比对分析、基因表达量、差异基因表达、GO功能富集分析及Pathway分析。本发明对猪胚胎附植前期和中期的子宫内膜附植点进行表达谱测序，可以进一步提示胚胎附植调控规律和猪高产仔机理。表达谱测序（mRNA expression profile sequencing）技术为这些研究提供了新的机会。
提高母猪繁殖力胚胎附植期子宫内膜关键基因鉴定方法

[发明专利]一种基于单细胞转录组测序的细胞亚群注释方法-CN202110016630.8有效
发明人：范文涛;王勇斯;张盼玉;温韵洁;何丹 -专利权人：广州华银健康医疗集团股份有限公司
申请日： 2021-01-07 - 公布日： 2021-11-19 - 主分类号： G16B30/10 文献下载
摘要：本发明提供一种基于单细胞转录组测序的细胞亚群注释方法，包括如下步骤：1)10x barcode UMI识别，2)比对基因组，3)基因表达谱，4)低质量细胞过滤和数据均一化，5)细胞群体聚类，6)Marker本发明属于生物信息分析技术领域，本发明提供的基于单细胞转录组测序的细胞亚群注释方法，解决了单细胞亚群注释的问题，使得单细胞测序数据在常规分析后，可以支持依据基因表达谱和/或细胞Marker基因进行细胞注释
一种基于单细胞转录组测序细胞注释方法

[发明专利]联合病理组学特征的肿瘤差异基因表达谱预测方法及系统-CN202310279457.X在审
发明人：刘健;闫朝阳;陈娇 -专利权人：南开大学
申请日： 2023-03-21 - 公布日： 2023-07-04 - 主分类号： G16B25/10 文献下载
摘要：本发明属于计算机技术领域，提供了一种联合病理组学特征的肿瘤差异基因表达谱预测方法及系统。模型训练方法包括，根据数据病理切片数据，得到数字病理切片的特定肿瘤区域的细胞核特征谱；根据转录组学数据，得到队列基因表达矩阵；根据队列基因表达矩阵和患者临床信息，确定癌症组织和正常组织样本以及癌症样本的临床诊断分期，并进行基因差异表达分析，得到特定肿瘤的差异基因表达谱和特定肿瘤分期的差异基因表达谱；以数字病理切片的特定肿瘤区域的细胞核特征谱为输入，以该特定肿瘤的差异基因表达谱和该特定肿瘤分期的差异基因表达谱为输出本发明极大降低了样本测序成本，提高后续诊断预后效率。
联合病理特征肿瘤差异基因表达预测方法系统

[发明专利]一种利用高通量测序单通道复用技术进行microRNA表达谱测定的方法-CN200910049381.1无效
发明人：刘极龙;曾华宗 -专利权人：上海聚类生物科技有限公司
申请日： 2009-04-15 - 公布日： 2010-10-20 - 主分类号： C12Q1/68 文献下载
摘要：一种在适用于超高通量新一代测序的单通道复用技术，可以在单通道中同时定量多个样本microRNA表达谱：在现有的超高通量新一代测序方法(如Illumina公司的Solexa测序平台、Roche公司的454测序平台)的基础上，通过改进流程，用条码标记技术对不同的生物样本进行标记，标记后将样本等量混合，然后进行超高通量测序。该方法可以在高通量测序仪的单个测序通道中同时测定2到15个生物样品的microRNA表达量。
一种利用通量测序单通道技术进行 microrna 表达测定方法

[发明专利]一种活化的嗜碱性粒细胞的表达谱及其构建方法和应用-CN201911146487.3在审
发明人：潘庆军;刘华锋;陈小群;廖淑珍;陆兴;招春飞;杨陈 -专利权人：广东医科大学附属医院
申请日： 2019-11-20 - 公布日： 2020-06-19 - 主分类号： C12Q1/6811 文献下载
摘要：本发明公开了一种活化的嗜碱性粒细胞的转录组表达谱的构建方法，包括嗜碱性粒细胞的制备、活化和培养，抽提细胞总RNA，全转录组测序以及全转录组表达谱的鉴定。本发明还公开了活化的嗜碱性粒细胞的转录组表达谱，与未经活化的人嗜碱性粒细胞的转录组表达谱相比，mRNA中有6个显著上调，lncRNA中有10个显著上调，circRNA中有6个显著上调，microRNA中有本发明通过系统研究人嗜碱性粒细胞活化相关转录组学表达谱的变化，鉴定了多个活化后差异表达的RNA，这些RNA为抑制人嗜碱性粒细胞的活化提供了新的靶标，进而为过敏性疾病和自身免疫性疾病的治疗提供了新的方向。
一种活化碱性粒细胞表达及其构建方法应用

[发明专利]一种诊断脊髓损伤以及筛选脊髓损伤治疗药物的基因标志物-CN202111650813.1在审
发明人：刘雪华;杨晶;苏庆军;梁芳;孙振程 -专利权人：首都医科大学附属北京朝阳医院
申请日： 2021-12-30 - 公布日： 2022-03-25 - 主分类号： C12Q1/6883 文献下载
摘要：本发明应用二代高通量测序技术对创伤性脊髓损伤组织进行了全基因组真核RNA测序，完成了创伤性脊髓损伤实验动物高压氧治疗前后的基因表达谱的筛选和对比分析，将高压氧治疗组分别与假手术组和损伤组的基因表达谱进行对比分析
一种诊断脊髓损伤以及筛选治疗药物基因标志

[发明专利]一种诊断脊髓损伤以及筛选脊髓损伤治疗药物的方法-CN202111651096.4在审
发明人：刘雪华;苏庆军;杨晶;梁芳;孙振程 -专利权人：首都医科大学附属北京朝阳医院
申请日： 2021-12-30 - 公布日： 2022-03-25 - 主分类号： C12Q1/6883 文献下载
摘要：本发明应用二代高通量测序技术对创伤性脊髓损伤组织进行了全基因组真核RNA测序，完成了创伤性脊髓损伤实验动物高压氧治疗前后的基因表达谱的筛选和对比分析，将高压氧治疗组分别与假手术组和损伤组的基因表达谱进行对比分析
一种诊断脊髓损伤以及筛选治疗药物方法

[发明专利]基于血浆分泌蛋白与血浆piRNA的结直肠癌诊断方法及应用-CN202310110370.X有效
发明人：丁克峰;胡烨婷;陆玮;徐佳升;肖乾;刘军;代晓转 -专利权人：浙江大学
申请日： 2023-02-14 - 公布日： 2023-10-03 - 主分类号： C12Q1/6886 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于血浆分泌蛋白与血浆piRNA的结直肠癌诊断方法及应用，所述方法是采用Luminex流式荧光检测技术建立结直肠癌血浆分泌蛋白表达谱，以及采用小RNA转录组测序技术获得结直肠癌血浆piRNA表达谱，并联合血浆分泌蛋白表达谱和血浆piRNA表达谱，得到用于结直肠癌早期诊断的血浆细胞分泌蛋白与血浆piRNA组合，并基于血浆细胞分泌蛋白与血浆piRNA组合建立了结直肠癌早期诊断模型。本发明能够有效地区分结直肠癌患者与健康患者，有助于降低基因表达检测的成本，值得在临床应用中的推广。
基于血浆分泌蛋白 pirna 直肠癌诊断方法应用

[发明专利]基于血浆分泌蛋白与血浆miRNA的结直肠癌诊断方法及应用-CN202310110372.9有效
发明人：陆玮;丁克峰;胡烨婷;徐佳升;肖乾;刘军;代晓转 -专利权人：浙江大学
申请日： 2023-02-14 - 公布日： 2023-10-03 - 主分类号： C12Q1/6886 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于血浆分泌蛋白与血浆miRNA的结直肠癌诊断方法及应用，所述方法是采用Luminex流式荧光检测技术建立结直肠癌血浆分泌蛋白表达谱，以及采用小RNA转录组测序技术获得结直肠癌血浆miRNA表达谱，并联合血浆分泌蛋白表达谱和血浆miRNA表达谱，得到用于结直肠癌早期诊断的血浆细胞分泌蛋白与血浆miRNA组合，并基于血浆细胞分泌蛋白与血浆miRNA组合建立了结直肠癌早期诊断模型。本发明能够有效地区分结直肠癌患者与健康患者，有助于降低基因表达检测的成本，值得在临床应用中的推广。
基于血浆分泌蛋白 mirna 直肠癌诊断方法应用

[发明专利]一种基因测序数据智能结构化存储及提取方法-CN202111218411.4在审
发明人：陈岱;宗杰 -专利权人：上海烈冰生物医药科技有限公司
申请日： 2021-10-20 - 公布日： 2022-01-07 - 主分类号： G16B20/30 文献下载
摘要：本发明公开了一种基因测序数据智能结构化存储及提取方法，建立一个非关系数据库，将各个基因测序位点存入数据库；针对生物信息/基因测序突变位点的特殊性，对数据进行优化，把突变位点的数据优化到或修改格式到能够方便的存进非关系数据库；利用数据库里存储的突变位点、表达谱、ChIP、甲基化等数据信息，对照已知的突变位点、表达谱、ChIP、甲基化等信息，结合表型信息进行生物学意义分析；设置快速增量统计方法来对数据进行统计，从而将新增加的基因相关数据快速录入到数据库内并进行批量统计本发明能够采用非关系数据库，能够存储大量的基因突变、表达谱、ChIP、甲基化等基因相关信息，且不会发生卡顿现象，并且利用快速增量统计方法来对新录入的基因相关数据进行统计。
一种基因序数智能结构存储提取方法

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