本发明公开一种木聚糖酶基因、重组质粒、重组菌株、木聚糖酶及其应用,涉及基因工程技术领域。所述木聚糖酶的氨基酸序列如SEQ ID NO:2所示;所述木聚糖酶基因mbXynSPP2的核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示;所述重组质粒携带所述木聚糖酶基因mbXynSPP2;所述重组菌株包含所述木聚糖酶基因本发明提供的木聚糖酶水解木聚糖的产物几乎不含有木糖单糖(水解产物为3~4个残基的木聚寡糖),缩短了木聚寡糖制备中的纯化分离步骤,极大地提高了木聚寡糖的产率和制备效率,因此,可以将该木聚糖酶应用到益生素木聚寡糖的制备,同时本发明提供的木聚糖酶在低温下具有高活性,且耐盐性良好,可适用于高盐环境,拓展了其应用范围。