本发明提供一种检测水稻稻曲病菌cyp51基因核苷酸突变位点的方法,属于分子生物学技术领域。涉及用于检测水稻稻曲病菌cyp51基因核苷酸突变位点的引物,其序列如SEQ ID No.1和SEQ ID No.2所示。本发明提供的检测水稻稻曲病菌对戊唑醇产生抗药性突变位点的方法,具有高灵敏度、简单快速、稳定性好、适用性广的特点,可以有效的区分敏感菌株和抗药性菌株,用于检测田间水稻稻曲病菌对戊唑醇的抗性发生、发展动态。本发明提供的分子检测方法,对于水稻稻曲病菌抗药性的早期预警及制定合理的病害管理方案,有效控制病害的抗药性发展具有重要的意义。