本发明提供了一种转基因甘蔗事件SCAG5的外源插入片段侧翼序列及其品系特异性检测方法。所述的转基因甘蔗SCAG5的外源插入片段侧翼序列,其包含核苷酸序列为SEQ ID NO.1所示的左侧翼序列和/或核苷酸序列为SEQ ID NO.2所示的右侧翼序列。本发明还提供了转基因甘蔗SCAG5的品系特异性检测方法,该方法特异性好,灵敏度高,检出极限为100ng/ul DNA模板浓度的0.1%,相当于9个单倍体甘蔗基因组拷贝数,这一检测灵敏度远高于欧盟对转基因植物衍生的食品及饲料标识的0.9%的最低限量,为转基因甘蔗SCAG5的利用及产品检测身份识别提供了技术基础与依据。