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[发明专利]针对单细胞转录组数据的微生物信息分析方法及装置-CN202310573581.7在审
发明人：侯睿;宫月;杨家亮;田埂 -专利权人：北京元码医学检验实验室有限公司
申请日： 2023-05-19 - 公布日： 2023-09-15 - 主分类号： G16B30/10 文献下载
摘要：本发明提供一种针对单细胞转录组数据的微生物信息分析方法及装置，涉及单细胞转录组学和微生物组学技术领域，其中方法包括：基于来源于宿主的组织样本中至少一个细胞对应的单细胞转录组数据及宿主的参考基因组，确定各单细胞转录组数据中的微生物序列；基于微生物序列及微生物参考基因组，确定各细胞对应的微生物信息；基于各细胞对应的单细胞转录组数据及参考基因组，确定每个细胞的细胞类型；基于各细胞的细胞类型及微生物信息，确定每个细胞与微生物信息的相关性分值通过上述方法，可以挖掘单细胞转录组数据中的微生物信息，进而确定微生物信息与宿主每种类型的细胞之间的关联性程度，可以确定每种微生物对宿主不同细胞类型的基因表达影响。
针对单细胞转录数据微生物信息分析方法装置

[发明专利]一种基于转录组测序开发山黧豆EST-SSR引物组及方法和应用-CN201710721379.9有效
发明人：郝晓鹏;王燕;杨涛;刘荣;畅建武;宗续晓;赵建栋;关现民 -专利权人：山西省农业科学院农作物品种资源研究所;中国农业科学院作物科学研究所
申请日： 2017-08-22 - 公布日： 2020-06-26 - 主分类号： C12Q1/6895 文献下载
摘要：本发明提供基于转录组测序开发山黧豆EST‑SSR引物组及方法和应用。获得两个不同花色山黧豆品种在苗期的根、茎、叶全部转录本集合，形成原始序列数据库；去除带接头和低质量的测序数据，形成高质量的过滤序列数据库；对高质量的过滤序列进行拼接，还原转录本，将转录本与参考蛋白质数据库NR进行BLAST比对，保留最优比对结果并确定最长序列作为Unigene代表序列。
一种基于转录组测序开发山黧豆 est ssr 引物方法应用

[发明专利]一种基于虉草转录组序列开发的EST-SSR标记引物对及虉草品种的鉴定方法和应用-CN202211093148.5在审
发明人：张建波;白史且;贾雪杰;李达旭;马啸;闫利军;雷雄 -专利权人：四川省草原科学研究院
申请日： 2022-09-08 - 公布日： 2023-09-08 - 主分类号： C12Q1/6895 文献下载
摘要：本发明涉及基因工程技术领域，尤其涉及一种基于虉草转录组序列开发的EST‑SSR标记引物对及虉草品种的鉴定方法和应用。本发明的目的在于提供一种基于虉草转录组序列开发的EST‑SSR标记，包括45个微卫星标记及对应对引物。本发明提供的引物的多态性丰富、扩增稳定、扩增条带易于鉴定，是稳定存在的新标记，填补了虉草基于转录组开发SSR引物的空白。
一种基于转录序列开发 est ssr 标记引物品种鉴定方法应用

[发明专利]一种消解微生物组文库中rRNA的方法-CN202310383401.9在审
发明人：黄英娟;倪晟宇;王永成;吴骏;孟红恩 -专利权人：杭州跃真生物科技有限公司
申请日： 2023-04-12 - 公布日： 2023-09-22 - 主分类号： C12N15/10 文献下载
摘要：本发明属于分子生物学技术领域，具体公开了一种消解微生物组文库中rRNA的方法，包括以下步骤：sgRNA设计：汇总58种细菌rRNA序列形成细菌rRNA基因组，将多个含有微生物群的复杂样本的转录组测序序列映射到上述细菌rRNA基因组，挑选覆盖更多序列的特征序列，经过重重筛选最后得到300条特征序列；sgRNA制备：将由生物公司合成的sgDNA通过PCR扩增加上tracrDNA序列，之后通过琼脂糖凝胶电泳验证PCR产物条带大小在130bp，得到的产物经磁珠纯化并转录得到sgRNA，将得到的sgRNA测定浓度并稀释后待用；本发明参考常见的58种细菌基因组序列，筛选设计出300条sgRNA，该300条sgRNA可靶向常见的几乎所有细菌的rRNA，适用于含有多种细菌的复杂转录组文库中rRNA的消解，增加微生物组各种水平RNA测序的覆盖度。
一种消解微生物文库 rrna 方法

[发明专利]基于末端转移酶的单细胞转录组测序试剂盒及测序方法-CN202310774799.9有效
发明人：郭国骥;韩晓平;杨蕾;王雪怡;汪仁英 -专利权人：浙江大学
申请日： 2023-06-28 - 公布日： 2023-09-29 - 主分类号： C12Q1/6869 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于末端转移酶的单细胞转录组测序试剂盒及测序方法，属于单细胞测序技术领域。所述试剂盒包括：反转录引物，包括第一细胞标签序列和捕获序列；末端转移酶，用于反转录得到的cDNA序列添加第一连接序列；杂交引物，用于添加第二细胞标签序列；还包括含有第三细胞标签序列的第一PCR扩增引物组合本发明的试剂盒和方法能够一次性标记并获得百万至千万级别的单细胞特异性转录组信息，并且直接延伸来合成完整双链DNA分子，提高反应效率的同时也大大降低了大规模高通量实验的成本，并且操作简便，耗时短，无需借助于额外仪器
基于末端转移酶单细胞转录组测序试剂盒方法

[发明专利]一种基于常规MRI序列对GBM患者进行风险分层的方法及系统-CN202310667266.0在审
发明人：张振宇;阎静;管芳展;王子龙;马泽宇;李志成;傅尘颖 -专利权人：中国科学院深圳先进技术研究院;郑州大学第一附属医院
申请日： 2023-06-06 - 公布日： 2023-09-05 - 主分类号： G16H50/20 文献下载
摘要：本申请涉及影像分析技术领域，特别涉及一种基于常规MRI序列对GBM患者进行风险分层的方法及系统，该方法包括以下步骤：获取GBM患者的数据集；对数据集进行图像采集，得到常规MRI序列；并基于数据集，获取转录组测序数据；基于常规MRI序列，提取影像组学特征；并基于影像组学特征，构建影像临床模型；基于影像临床模型和转录组测序数据，得到影像组学分析结果；采用加权基因共表达网络分析以及基因集富集分析方法，对转录组测序数据进行分析，得到交叉通路，并对影像组学特征背后的生物学基础进行解释。本申请利用常规MRI序列对IDH野生型胶质母细胞瘤患者进行风险分层与预后预测，并挖掘影像组学预后特征背后的生物学通路，为临床精准治疗提供指导。
一种基于常规 mri 序列 gbm 患者进行风险分层方法系统

[发明专利]用于逆转录病毒产生的稳定细胞系-CN201880025904.6在审
发明人： C.文克 -专利权人：葛兰素史克知识产权开发有限公司
申请日： 2018-04-18 - 公布日： 2019-11-29 - 主分类号： C12N15/86 文献下载
摘要：本发明涉及逆转录病毒生产细胞，其包含编码以下的核酸序列：gag和pol蛋白；包膜蛋白或其功能性替代物；可扩增选择标记；和逆转录病毒载体颗粒的RNA基因组；其中所述核酸序列全部整合于逆转录病毒生产细胞基因组内的单一基因座处本发明还涉及包含非哺乳动物复制起点且能够容纳至少25千碱基(kb)的DNA的核酸载体，其特征在于所述核酸载体包含编码以下的逆转录病毒核酸序列：gag和pol蛋白，和env蛋白或其功能性替代物。所述核酸载体另外包含编码可扩增选择标记的核酸序列。本发明还涉及使用所述核酸载体以产生稳定的逆转录病毒包装和生产细胞系的用途和方法。
核酸序列核酸载体逆转录病毒功能性替代物生产细胞选择标记扩增逆转录病毒载体颗粒逆转录病毒包装非哺乳动物生产细胞系包膜蛋白复制起点基因组基因座千碱基整合容纳

[发明专利]NTS/dNTS组合在制备植物突变体中的应用-CN201911405272.9有效
发明人：徐雯;杨进孝;武莹;张成伟;康桂婷;刘亚 -专利权人：北京市农林科学院
申请日： 2019-12-31 - 公布日： 2023-06-23 - 主分类号： C12N15/82 文献下载
摘要：该方法包括如下步骤：将esgRNA、Cas9切刻酶、筛选剂抗性蛋白、供体DNA导入植物中；esgRNA靶向DNA片段甲靶点序列；DNA片段甲靶点序列位于植物基因组中的转录链上；供体DNA的转录链依次由DNA片段甲靶点序列、DNA片段乙和DNA片段甲靶点序列组成；DNA片段乙为将DNA片段甲突变后得到的DNA分子；在esgRNA引导下，Cas9切刻酶在植物基因组的非转录链上产生一个单链DNA切刻，在供体DNA的非转录链上产生两个单链DNA切刻，通过植物体内的修复机制将植物基因组中DNA片段甲替换为DNA片段乙，实现植物基因替换。
nts dnts 组合制备植物突变体中的应用

[发明专利]一种通过优化供体DNA模板来提高基因精确替换效率的方法-CN201911411090.2有效
发明人：杨进孝;赵久然;宋伟;宋金岭;冯峰 -专利权人：北京市农林科学院
申请日： 2019-12-31 - 公布日： 2023-06-06 - 主分类号： C12N15/82 文献下载
摘要：该方法包括如下步骤：将esgRNA、Cas9切刻酶、筛选剂抗性蛋白、供体DNA导入植物中；esgRNA靶向DNA片段甲靶点序列；DNA片段甲靶点序列位于植物基因组中的非转录链上；供体DNA的转录链依次由DNA片段甲靶点序列、DNA片段乙和DNA片段甲靶点序列组成；DNA片段乙为将DNA片段甲突变后得到的DNA分子；在esgRNA引导下，Cas9切刻酶在植物基因组的转录链上产生一个单链切刻，在供体DNA的非转录链上产生两个单链切刻，通过植物体内的修复机制将植物基因组中DNA片段甲替换为DNA片段乙，实现植物基因替换。
一种通过优化供体 dna 模板提高基因精确替换效率方法

[发明专利]制备候选测序探针集的方法、装置及其应用-CN201610075006.4有效
发明人：徐讯;蒋慧;耿春雨;范广益;梁恩靖;祝珍珍 -专利权人：深圳华大智造科技股份有限公司
申请日： 2016-02-03 - 公布日： 2021-06-08 - 主分类号： C12Q1/6806 文献下载
摘要：本发明公开了制备候选测序探针集的方法、装置及其应用，其中，制备候选测序探针集的方法包括：(1)基于参考基因组的目标mRNA序列设计探针，构建候选探针集合；(2)将候选探针集合与参考基因组的目标mRNA序列进行比对；(3)基于比对结果，对候选探针集合中的所有候选探针进行筛选；(4)针对参考基因组目标mRNA中的高度同源基因设计得到相同的探针；(5)合并特异性探针集和针对高度同源基因的探针。利用该方法能够有效地获得针对参考基因组全部mRNA的候选测序探针集，进而，基于其能够有效制备获得转录组文库特异性测序引物组，利用该测序引物组进行转录组测序，测序结果及确定的转录本序列准确可靠、数据偏向性低
制备候选探针方法装置及其应用

[发明专利]割手密反转录转座子序列及其鉴定方法-CN201910479046.9有效
发明人：王凯;黄永吉;韩金磊;闫天盈 -专利权人：福建农林大学
申请日： 2019-06-04 - 公布日： 2022-06-21 - 主分类号： C12N15/11 文献下载
摘要：本发明公开了割手密反转录转座子序列及其鉴定方法，利用割手密和热带种基因组数据聚类分析，筛选出4条割手密反转录转座子序列，根据该序列分别设计引物扩增获得其全长序列，然后制备成探针，在割手密和热带种的中期染色体上进行荧光原位杂交(FISH)鉴定，结果显示，这4条反转录转座子序列均仅在割手密染色体上产生清晰明亮的信号，本发明的反转录转座子序列可直接用于特异识别割手密染色体，为甘蔗栽培品种中割手密血缘鉴定提供更加准确的信息，也将为甘蔗染色体工程育种奠定基础
割手密反转录座子序列及其鉴定方法

[发明专利]红麻表达序列标签微卫星DNA标记-CN201410641385.X有效
发明人：张立武;祁建民;万雪贝 -专利权人：福建农林大学
申请日： 2014-11-14 - 公布日： 2015-02-04 - 主分类号： C12Q1/68 文献下载
摘要：本发明涉及一种分子标记技术，具体涉及一种红麻表达序列标签微卫星DNA分子标记。其步骤包括，基于红麻转录组测序序列开发新的微卫星位点，扩增微卫星位点的引物序列以及微卫星位点多态性分析。本发明的特征是，基于红麻转录组测序的转录因子表达序列标签，分离鉴定了24个微卫星标记的DNA序列和扩增该24个微卫星位点的引物序列。
红麻表达序列标签卫星 dna 标记

[发明专利]芥菜基因组定点突变系统及其应用-CN201310750735.1无效
发明人：宋明;孙梓健;李念祖;汤青林;王志敏 -专利权人：西南大学
申请日： 2014-04-15 - 公布日： 2014-06-18 - 主分类号： C12N9/22 文献下载
摘要：本发明涉及“芥菜基因组定点突变系统及其应用”，属于生物技术领域。基因组定点突变系统，其特征在于：所述系统由特异识别目的基因两个靶序列的两个转录激活效应因子核酸酶（TALEN）所组成；所述两个靶序列为位于所述目的基因5’端的第一靶序列和位于所述目的基因3’端的第二靶序列；所述两个转录激活效应因子核酸酶由转录激活子效应因子核酸酶TALEN‐L和TALEN‐R组成，所述TALEN‐L和TALEN‐R分别特异性识别第一靶序列和第二靶序列。
芥菜基因组定点突变系统及其应用

[发明专利]用于产生逆转录病毒的稳定细胞系-CN201680068650.7在审
发明人： S.约翰逊;C.帕尔兰特;E.范瓦;C.文克 -专利权人：葛兰素史密斯克莱知识产权发展有限公司
申请日： 2016-11-21 - 公布日： 2018-07-17 - 主分类号： C12N5/10 文献下载
摘要：本发明涉及产生逆转录病毒的细胞，其包含编码以下的核酸序列：gag和pol蛋白；包膜蛋白或其功能性替代物；和逆转录病毒载体颗粒的RNA基因组，其中所述核酸序列全部位于产生逆转录病毒的细胞基因组内的单一基因座本发明还涉及包含非哺乳动物复制起点且能够保持至少25千碱基(kb)DNA的核酸载体，其特征在于所述核酸载体包含编码gag和pol蛋白、和env蛋白或其功能性替代物的逆转录病毒核酸序列。本发明还涉及使用所述核酸载体以产生稳定的逆转录病毒包装和生产细胞系的用途和方法。
逆转录病毒核酸序列核酸载体功能性替代物逆转录病毒载体颗粒逆转录病毒包装非哺乳动物生产细胞系稳定细胞系细胞基因组包膜蛋白复制起点基因座千碱基细胞

[发明专利]基于转录组测序开发绿豆SSR引物的方法-CN201310629710.6有效
发明人：陈红霖;程须珍;王素华;王丽侠 -专利权人：中国农业科学院作物科学研究所
申请日： 2013-11-29 - 公布日： 2014-03-19 - 主分类号： C12Q1/68 文献下载
摘要：本发明提供一种基于转录组测序开发绿豆SSR引物的方法，包括：获得绿豆全基因组转录本的集合，形成序列数据库；用Trinity将测序序列拼接成一个转录组，取每条基因中最长的转录本作为Unigene；Unigene序列生物信息学分析；采用MISA1.0对Unigene进行SSR检测；用Primer3进行SSR引物设计，并进行SSR引物多态性鉴定。
基于转录组测序开发绿豆 ssr 引物方法