本发明属于植物基因工程与分子育种技术领域,具体涉及一种CAPS分子标记在鉴定谷子株高性状的用途及引物和检测试剂盒。本发明首次克隆得到与谷子株高相关的CAPS分子标记,扩增该分子标记的引物序列如SEQ ID No_5和SEQ ID No_6所示。此CAPS分子标记可以用来鉴定谷子株高,若某一谷子品种的PCR扩增片段长度为482bp,经NciI酶切后可以切成61bp、117bp和304bp三个片段,则该谷子品种表现为高秆性状;若PCR扩增片段长度为481bp,经NciI酶切后可以切成117bp和364bp两个片段,则该谷子品种表现为矮秆性状。本发明的CAPS分子标记及其检测方法可用于谷子矮秆新品种的选育,对于农业生产具有重要的意义。