本发明公开了融合蛋白及其在基因编辑中的应用。具体地公开了提高基因编辑效率的融合蛋白,所述融合蛋白为氨基酸序列是SEQ ID No.9、SEQ ID No.11或SEQ IDNo.13的蛋白质。本发明还提供了基因编辑系统和提高Cas12i3蛋白介导的基因编辑效率的方法。本发明通过筛选获得了可显著提高Cas酶编辑效率的T5核酸外切酶和linker编码序列核酸分子组合。按照该组合方式得到的融合蛋白比未改造的Cas12i3蛋白编辑效率显著提高。进一步流式分析结果显示,经过C‑linker 3组合方式改造,更显著提高了Cas酶的编辑效率。本发明的基因编辑系统编辑效率高,有更广泛的应用价值和前景。