本发明公开了用于筛选水稻耐旱品种的snoRNA基因分子标记的引物,引物是具有如SEQ ID NO:1所示核苷酸序列的正向引物和具有如SEQ ID NO:2所示核苷酸序列的反向引物。本发明通过利用上述分子标记可以快速准确的筛选耐旱品种,具体表现为耐旱品种该标记进行扩增时会扩增出一条清晰的条带,而干旱敏感品种使用该标记进行扩增时未见该条带,由此分辨品种是否耐旱,该标记筛选结果与干旱处理后筛选的耐旱品种是一致的,由此可知,该标记筛选耐旱品种有效。利用该标记筛选耐旱品种可以大大缩短筛选的时间,简化筛选的步骤,提高筛选效率。