本发明属于动物基因工程技术领域，具体地涉及猪断奶重PSME1基因的克隆、制备方法及应用。克隆的cDNA和DNA序列分别如序列表SEQ ID NO：1－2所述。制备步骤包括：电脑克隆、猪脾脏组织总RNA提取、RACE、RACE产物克隆测序、获得全长cDNA序列、设计引物扩增基因组DNA、获得PSME1基因的部分基因组DNA序列、RFLP多态性检测、RFLP多态性与断奶重的关联分析本发明公开了猪PSME1基因cDNA全长序列和部分基因组DNA序列，制备基因组DNA序列的两对引物，并公开了基因组DNA序列中的两个位点的突变，C741－T741和C802－G802，以及PSME1－RFLP多态性用于检测猪断奶重的技术，为猪的标记辅助育种提供了新的标记。
本发明公开了一种猪线粒体基因组靶向序列捕获试剂盒及其应用，该试剂盒包括靶向猪线粒体基因组序列的捕获探针，所述的捕获探针由生物素标记的核苷酸序列组成，核苷酸序列如SEQ ID NO：1‑106所示，获取猪线粒体基因组序列的方法包括以下步骤：1）提取猪的基因组DNA；2）构建猪的全基因组文库；3）与捕获探针液相杂交、测序、序列拼接，即可获取猪线粒体基因组序列，该方法尤其适用于靶向捕获猪古DNA中线粒体基因组序列，其灵敏度高，特异性强，且稳定性好
本发明公开了一种检测猪生长性能杂种优势的方法，包括如下步骤：(1)提取待测亲本猪的基因组DNA；(2)以待测亲本猪的基因组DNA为模板，以序列表中SEQ ID NO：1和SEQ ID NO：2所示的DNA分子为引物对，进行PCR扩增，测定其PCR产物的测序；(3)检测亲本猪的基因型，通过选择杂交亲本猪之间的基因组合以规定其后代杂种猪的基因型；(4)确定基因型与猪杂种优势的相关性。本发明所述方法能通过简单的PCR扩增产物测序确定待测猪的基因型，从而选出能产生较大杂种优势的猪的亲本品系，方法简便易行，所用时间短，结果准确，精确度高。
本发明提供了一种活体检测猪肉风味的方法，包括如下步骤：(1)分别提取待测猪的基因组DNA；(2)以待测猪基因组DNA为模板，以序列表中SEQ ID NO：1和SEQ ID NO：2所示的DNA分子为引物对，进行PCR扩增，NspI限制性内切酶酶切PCR扩增产物；(3)检测NspI限制性内切酶酶切产物的大小，确定待测猪的基因型；(4)确定猪肉风味与猪的基因型之间的相关性。本发明活体检测猪肉风味的方法，能通过简单的PCR扩增和酶切确定待测猪的基因型，AA基因型猪的风味显著高于BB基因型和AB基因型(P＜0.01)，根据检测结果以AA基因型的猪进行育种可获得候选的优质风味的猪品系
一种猪全基因组低密度SNP芯片，其为SEQ ID NO.1‑8846序列中所示的DNA序列。其有益效果为本发明的猪全基因组低密度SNP芯片从现有的80k芯片中通过研究分析，创造性的在不显著降低选择准确性的情况下，去除无关SNP标记，将其降低到8846个。对在猪育种选育方面具有开创性意义，使得通过猪全基因组低密度SNP芯片普及猪的分子育种成为可能，将大大提高我国猪育种选育进程。
本发明提供了检测猪基因组DNA的引物对、包含本发明引物对的检测试剂或试剂盒以及利用所述引物对检测猪基因组DNA的方法，所述引物对特异性结合于SEQ ID NO:1所示序列。利用所述引物对的PCR检测方法操作简便快捷、灵敏度高、能区分牛、CHO、Vero、人、NS0、MDCK、E.coli、毕赤酵母和Sf9等干扰性DNA。
本发明涉及一种猪GIGYF2基因中一个可用于溯源的SNP标记及其检测方法。所述的SNP标记位于猪GIGYF2基因中一段基因组DNA片段中，是通过DNA池(pool)测序获得。所述的猪GIGYF2基因中一段基因组DNA片段，如SEQ ID NO 1所示，共452bp，包含部分23内含子，且其第187位碱基处有一个碱基突变187A→187C。在包括10个猪品种或品系的试验群体中，分析本发明的SNP标记在试验群体中等位基因的分布情况，发现该标记在不同的品种或品系中的等位基因频率接近，多态性丰富，品种或品系间等位基因频率分布差异小，并且杂合度都大于0.3，初步判定本发明的SNP标记可用作猪肉产品DNA溯源。
