本发明公开了一种水稻叶色控制基因SEL、其突变基因及其在水稻叶色改良中的应用。水稻叶色控制基因编码的氨基酸序列如SEQ ID NO:2所示,其编码基因的cDNA序列如SEQ ID NO.1所示,全长1092bp。本发明还公开了一种对水稻叶色改良具有重要价值的黄化致死突变体sel,其杂合型植株SEL/sel,在生育前期表现出正常叶色表型,抽穗后叶色开始变淡,后期叶片枯萎慢。可将其应用于水稻叶色改良工作中,特别是针对叶色较深杂交稻,能够使其叶色变淡,并延迟叶片衰老,对进一步提高水稻产量具有重要的意义。