本发明提供了一种水稻长链非编码RNA‑lncRNA_XLOC047657基因位点及其在提高水稻对稻瘟病抗性中的应用，属于植物基因工程技术领域。本发明筛选得到长链非编码RNA‑lncRNA_XLOC047657基因位点，其核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示。本发明构建了含有该序列的敲减表达载体和重组菌；利用敲减载体转化苗接种稻瘟病菌株，病害调查结果说明感病品种可通过抑制该基因位点的表达量显著提高水稻对多个稻瘟病菌株的抗性，证明该长链非编码RNA的高表达会诱导水稻对稻瘟病菌的感病性；同时，利用过表达载体转化苗接种稻瘟病菌株并进行病害调查，结果表明该基因位点在水稻过表达株系对稻瘟病菌的防卫响应中发挥着负调控作用。本发明为培育水稻抗稻瘟病新品种提供了新的策略和遗传位点，具有十分重要的理论意义和应用价值。
本发明公开了一种与稻瘟菌籼粳来源性状连锁的SNP分子标记及其应用，所述分子标记物的序列为SEQ ID NO.1。本发明可以通过该SNP分子标记进行分子检测快速鉴定籼型水稻或粳型水稻的稻瘟菌来源，所筛选的特异性引物可对区分稻瘟菌籼、粳稻来源进行良好分型，检测方法简单易行，准确率高达100％。本发明方法为未知水稻亚种来源的稻瘟菌寄主鉴定提供指导作用，为研究稻瘟菌寄主专化性机制、稻瘟病预测预报和水稻主栽品种布局提供方法依据。
