本发明公开了一种水稻株高调控基因OsSP3、其突变基因及其在水稻株高改良中的应用。所述水稻株高调控基因OsSP3，其核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示；其突变基因的核苷酸序列如SEQ ID NO：3和SEQ ID NO：4所示，该水稻株高突变基因可导致水稻植株株高变矮。可将其应用于水稻株型改良工作中，特别是针对高秆水稻品种，能够有效降低其株高，并优化其株型，对进一步提升水稻产量具有重要的意义。
本发明公开了一个水稻叶绿体发育的相关基因及分子标记和应用，该相关基因YL22的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，在核苷酸序列SEQ ID NO.1的基础上将第五外显子上的第222位碱基G替换成碱基A，突变后的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示，YL22基因的变化会导致水稻出现黄叶表型。鉴定基因YL22的分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.3和SEQ ID NO.4所示。鉴定黄叶表型的分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.5和SEQ ID NO.6所示。本发明使水稻叶色种质资源进一步得到丰富，可作为叶色标记应用在水稻新品种选育中，同时对叶绿体发育调控机制的研究具有重要的意义。
本发明公开了一种水稻叶色控制基因SEL、其突变基因及其在水稻叶色改良中的应用。水稻叶色控制基因编码的氨基酸序列如SEQ ID NO：2所示，其编码基因的cDNA序列如SEQ ID NO.1所示，全长1092bp。该基因发生纯合突变后可导致叶绿素合成受阻，叶绿体发育不正常，苗期黄化致死，在苗期可以作为一种标记性状，对目标性状进行选择。本发明还公开了一种对水稻叶色改良具有重要价值的黄化致死突变体sel，其杂合型植株SEL/sel，在生育前期表现出正常叶色表型，抽穗后叶色开始变淡，后期叶片枯萎慢。可将其应用于水稻叶色改良工作中，特别是针对叶色较深杂交稻，能够使其叶色变淡，并延迟叶片衰老，对进一步提高水稻产量具有重要的意义。
本发明公开了一种鉴定水稻半矮秆基因sd1等位基因的分子标记及矮源基因鉴定方法，包括分子标记Sd1SNP和Sd1InDel，分别由引物对SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2，以及SEQ ID NO.3和SEQ ID NO.4组合而成。还公开了所述功能性分子标记的检测方法及其应用，本发明的功能性分子标记以PCR技术为基础，能区分鉴定稻种资源的矮源类型，不受环境以及人为因素的影响，可以用于水稻矮化育种，改良水稻株型，该方法和标记在水稻育种领域具有广阔的应用前景。
