本发明属于基因检测技术领域,具体涉及贝莱斯牙孢杆菌HMB26553菌株的特异性引物、Taqman探针及应用。本发明的贝莱斯牙孢杆菌HMB26553菌株的特异性引物和探针序列分别为SEQ ID NO.1、SEQ ID NO.2、SEQ ID NO.3。本发明利用所述引物能够从贝莱斯牙孢杆菌HMB26553菌株扩增出单一的独有目的片段,实现了贝莱斯牙孢杆菌HMB26553菌株的特异性检测,本发明所述引物具有特异性高、检测效率高、假阳性率低、保存时间长等特点利用本发明引物,通过实时定量PCR技术可以快速定量贝莱斯牙孢杆菌HMB26553菌株在棉花根际的群体数量,具有高通量、快速和准确的优点。