本发明涉及植物基因工程领域,旨在提供一种水稻侧根发生调控基因OsLRD1及其编码的蛋白质。该基因的核苷酸序列与SEQ ID NO:1所示的序列一致;该蛋白质的氨基酸序列与SEQ ID NO:2所示的序列一致。本发明还提供了所述的基因、或在该基因的核苷酸序列中添加、取代、插入和缺失一个或多个核苷酸生成的等位基因或衍生物在构建转基因水稻中的用途;以及包含所述的基因、或在该基因的核苷酸序列中添加、取代、插入和缺失一个或多个核苷酸生成的等位基因或衍生物的转基因植物细胞本发明提供了新的控制根系发育的基因,提供了新的用于从遗传学角度来改良根系结构的方法和技术。