本发明公开一种低温基质金属蛋白酶及其编码基因与应用。本发明首先公开了低温基质金属蛋白酶,所述低温基质金属蛋白酶是如下(a)或(b)所示的蛋白质:(a)由序列表SEQ ID NO.1所示的氨基酸序列组成的蛋白质;(b)由序列表SEQ ID NO.1所示的氨基酸序列经过一个或多个氨基酸残基的取代和/或缺失和/或插入得到的具有低温条件下蛋白降解活性的蛋白质。本发明进一步公开了所述低温基质金属蛋白酶在低温条件下降解蛋白的应用。本发明低温基质金属蛋白酶在10~20℃低温条件下仍具有高效的蛋白降解活性,且具有较低的热灭活温度。