公开了分离克隆的调控水稻垩白率性状的主效基因Chalk5,以及它的等位基因(Chalk5-H94)的DNA序列,该主效基因的核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示,该主效基因的等位基因的核苷酸序列如序列表利用水稻高垩白品种和两个低垩白品种比较测序,发现在全基因范围内高、低垩白品种间存在39个共同的碱基差异,其中10个突变位于启动子区,5个突变位于编码区,导致2个氨基酸变化。利用转基因技术获得了转Chalk5基因的水稻植株,转基因植株都表现出比对照垩白率显著提高。这些性状变化与珍汕97的Chalk5近等基因系两基因型的表现非常吻合。