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[发明专利]分子力场拟合方法-CN202010317380.7有效
发明人：周云飞;马健;温书豪;赖力鹏 -专利权人：深圳晶泰科技有限公司
申请日： 2020-04-21 - 公布日： 2021-02-12 - 主分类号： G16C10/00 文献下载
摘要：一种分子力场拟合方法，其特征在于，包括：切分：输入大分子3D构象，指定切分位置，将大分子切分为小分子片段，保存小分子片段与输入的大分子之间的原子对应关系；专有力场拟合：对小分子片段进行专有力场拟合，保存拟合好的力场参数；拼接：根据小分子片段与输入的大分子之间的原子对应关系，将拟合后小分子力场拼接成大分子力场；上述分子力场拟合方法将大分子切为较小分子片段，切分原则是在尽可能减少分子自由度(分子复杂度)的同时，保留分子内部临近基团之间的耦合作用，然后分别拟合小分子的力场参数，这个做法弥补了通用力场自身的不足，同时分子量的减少，也相应的减少了量化计算量以及力场参数拟合的难度。
分子力场拟合方法

[发明专利]分子力学力场参数的自动化生成方法-CN200610030465.7无效
发明人：孙淮 -专利权人：屹昂计算化学软件（上海）有限公司
申请日： 2006-08-25 - 公布日： 2008-02-27 - 主分类号： G06F17/50 文献下载
摘要：本发明涉及分子力学力场参数的自动化生成方法，包含了自动生成分子模拟必需的分子力学力场参数的方法，可应用于材料科学、生命科学、药物科学和化学化工等方面的基础研究。本发明主要内容是：为目标分子寻找可以用来制作其分子力场参数的唯一的一组分子模型集合；对分子模型集合实施量子力学计算，以得到可以用来拟合分子力学力场的基准数据；自动拟合大量非线性数据；自动验证拟合的结果；本发明是为了解决缺乏完整准确的力场这一在当前分子模拟技术广泛应用中的瓶颈问题。本发明提供了一个新的，能够快速、准确、自动地推导分子力场的系统方法。
分子力学力场参数自动化生成方法

[发明专利]分子力场参数生成的计算任务管理分析系统及其运行方法-CN201811572009.4有效
发明人：陈勇攀;刘阳;张万超;宋翠华;韩非;温书豪;马健;赖力鹏 -专利权人：深圳晶泰科技有限公司;深圳智药科技有限公司
申请日： 2018-12-21 - 公布日： 2022-04-12 - 主分类号： G16C10/00 文献下载
摘要：本发明属于分子力场技术领域，具体涉及一种分子力场参数生成的计算任务管理分析系统及其运行方法，包括计算结果分析模块和计算任务管理模块，计算结果分析模块与计算任务管理模块连接，计算任务管理模块通过云计算接口与力场构建计算服务器连接运行方法为（1）选择分子力场构建计算模板，（2）选择计算任务提交平台并提交计算，（3）回收计算结果，（4）分析计算结果。本发明以科研人员为主的力场构建系统使用者通常不具备强大的开放接口开发能力，提供了方便的云计算调用接口，提高力场构建的速度；全景化且直观；提供对力场构建计算结果的交互式分析方式，方便快速定位计算异常，且能支持自动化处理分析任务
分子力场参数生成计算任务管理分析系统及其运行方法

[发明专利]重加权算法生成碱基特异性的核酸分子力场参数的方法-CN202211168830.6在审
发明人：陈海峰;李政新 -专利权人：上海交通大学
申请日： 2022-09-24 - 公布日： 2022-12-23 - 主分类号： G16C10/00 文献下载
摘要：本发明涉及一种基于重加权算法生成碱基特异性的核酸分子力场参数的方法，以分子动力学模拟产生的四核苷酸构象是否为错误插层构象为依据，对于核酸核苷重原子的非键参数进行特异性的调整并引入基于格点的能量矫正(CMAP本发明在于针对现有RNA分子力场准确度不足的问题，通过重加权算法对于核苷重原子非键参数进行特异性的调整并引入CMAP能量项生成碱基特异性的核酸分子力场参数，提高力场模拟准确度，并通过长时间模拟、副本交换(REMD)、溶质回火的副本交换(REST2)对于多个RNA体系进行测试，进一步验证方法与力场参数的有效性。
加权算法生成碱基特异性核酸分子力场参数方法

[发明专利]分子力场质量控制系统及其控制方法-CN202011225464.4有效
发明人：王果;马健;张佩宇;方栋;温书豪;赖力鹏 -专利权人：深圳晶泰科技有限公司
申请日： 2020-11-05 - 公布日： 2023-04-07 - 主分类号： G16C10/00 文献下载
摘要：本发明提供分子力场质量控制系统及其控制方法，包括，数据获取模块，读取用于对标的量子力学优化数据和待测力场的分子力学优化数据，并整理为包含指定栏目的数据表格和分子坐标文件；能量分析模块，计算指标集种分子构象能量和势能面相关的评价指标；按照两个测试方法参数计算能量分析指标，生成原始数据表格；结构分析模块，计算指标集种分子结构相关的评价指标；计算结构分析指标，生成原始数据表格；数据统计模块，计算统计指标，打印统计数据，绘制统计图表。本发明将力场参数项纳入质量控制流程，力场开发者可准确识别测试集中表现不佳的参数项，有针对性地进行参数优化。
分子力场质量控制系统及其控制方法

[发明专利]一种药物靶点预测方法-CN201811554735.3有效
发明人：刘志红;张德康;林永胜;严鑫 -专利权人：广州市爱菩新医药科技有限公司
申请日： 2018-12-18 - 公布日： 2023-05-16 - 主分类号： G16C20/50 文献下载
摘要：本发明公开了一种药物靶点预测方法，S1：建立数据库，并将药物靶点与其对应的配体的数据存储在数据库中；S2：根据分子力场对步骤S1中配体的分子结构生成三维构象；S3：编辑待预测分子的化学结构；S4：根据与步骤S2对应的分子力场对步骤S3待预测分子生成三维构象；S5：将待预测分子的三维构象与数据库中的配体的分子结构的三维构象进行分析利用分子力场生成的三维构象，对待预测分子的化学结构以及数据库中的配体分子的化学结构进行多方面结合后再进行比对，从而进行靶点药物进行对应，三维构象参数对待预测分子和配体分子进行精准表征，所得预测结果准确性高
一种药物预测方法

[发明专利]分子力场多目标拟合算法库系统及工作流程方法-CN202010651916.9有效
发明人：林泓叡;杨明俊;彭春望;吴楚楠;马健;温书豪;赖力鹏 -专利权人：深圳晶泰科技有限公司
申请日： 2020-07-08 - 公布日： 2022-06-10 - 主分类号： G16C10/00 文献下载
摘要：本发明提供一种分子力场多目标拟合算法库系统及工作流程方法，包括：FFOptIterator模块，用于输入输出与力场参数的训练迭代；EnergyCalculator模块，用于MM能量与能量微分计算，用于计算优化算法中每一步迭代的所需数值其中，初始化FFOptIterator及EnergyCalculator对象时，用户通过传参的方式指定训练的力场参数、可调整之参数范围、算法流程参数、MD模拟参数。本发明适用于分子力场训练、验证的相关应用，实现了针对不同训练目标的框架、不同性质预测流程、不同格式力场参数间的兼容与转换、多目标优化的集成、结果分析和图形化等。
分子力场多目标拟合算法系统工作流程方法

[发明专利]一种制作去质子化视黄醛发色团LYR分子力场文件的方法-CN202310030292.2在审
发明人：张文英;辛奇;袁帅;徐涛;李阔;谭清龙 -专利权人：重庆邮电大学
申请日： 2023-01-10 - 公布日： 2023-06-23 - 主分类号： G16C10/00 文献下载
摘要：本发明公开了一种制作去质子化视黄醛发色团LYR分子力场文件的方法，属于生物物理学领域。具体步骤如下：(1)基于已有的处理质子化发色团LYR分子力场文件，在描述结构的rtf文件中删除席夫碱氮上面的氢原子以及更改相应的成键项；(2)用在线工具CGenFF重新生成删除氢原子后发色团LYR的电荷分布dihedrals，impropers项；(5)合并重新生成后的rtf和prm文件为str格式用于处理视蛋白去质子化的发色团LYR；该方法具有准确性高、可靠性强、操作简单等优点，且该发明方法解决了普通分子力场
一种制作质子化视黄醛发色团 lyr 分子力场文件方法

[发明专利]基于MM/PBSA模型的蛋白质-配体结合自由能计算方法-CN201910592398.5有效
发明人：谢良旭;许磊;李峰 -专利权人：江苏理工学院
申请日： 2019-07-03 - 公布日： 2023-07-11 - 主分类号： G16B5/00 文献下载
摘要：本发明提供了一种基于MM/PBSA模型的蛋白质‑配体结合自由能计算方法，包括以下步骤：分别获取蛋白质和配体分子的pdb文件；对蛋白质的pdb文件借助pdb4amber工具进行预处理，删除Amber软件不能读取的氢原子；对配体分子的pdb文件借助antechamber工具，将pdb格式转为mol2文件格式，并且修改原子类型为amber力场的原子类型；借助tleap命令指定配体分子的GAFF力场参数；借助tleap命令采用AMBER99SB‑ILDN分子力场参数，分别生成蛋白质、配体小分子、蛋白质‑配体小分子复合结构的拓扑文件和坐标文件，并在该过程中添加水盒子以及抗衡离子；借助Amber软件对模拟体系进行能量最小化、升温和分子动力学模拟；借助MMPBSA.py程序对上一步骤中的分子动力学模拟轨迹进行基于分子力学‑玻尔兹曼泊松表面积模型的结合自由能计算。
基于 mm pbsa 模型蛋白质结合自由能计算方法

[发明专利]一种药物虚拟筛选方法-CN201811550797.7在审
发明人：刘志红;张德康;林永胜;严鑫 -专利权人：广州市爱菩新医药科技有限公司
申请日： 2018-12-18 - 公布日： 2019-04-16 - 主分类号： G16H70/40 文献下载
摘要：本发明公开了一种药物虚拟筛选方法，包括以下步骤，S₁：编辑模版分子的化学结构；S₂：根据分子力场对步骤S₁中模版分子的化学结构生成三维构象；S₃：在对应步骤S₂的分子力场中对各待筛选化合物的化学结构生成三维坐标；S₄：利用高斯函数对分别对模版分子和各待筛选化合物的分子形状和药效团进行表达；S₅：将待模板分子的三维构象与各待筛选化合物的三维构象进行分析，综合考虑模版分子和各待筛选化合物的分子形状和药效团。由于小分子配体通过三维构象与蛋白结合而发挥作用，通过构建三维构象，配合形状和药效团的结合进行药物筛选，筛选结果更接近实际情况，药物的筛选结构更加精准。
构象筛选化合物模版分子三维药效团筛选分子力场分子形状虚拟小分子配体蛋白结合高斯函数模板分子三维坐标药物筛选综合考虑构建配合分析

[发明专利]分子动力学力场参数拟合工作流控制系统及其控制方法-CN202011294343.5在审
发明人：蒋瑞;温书豪;马健;赖力鹏 -专利权人：深圳晶泰科技有限公司
申请日： 2020-11-18 - 公布日： 2021-03-05 - 主分类号： G16C10/00 文献下载
摘要：本发明公开了一种分子动力学力场参数拟合工作流控制系统及其控制方法，所述的工作流控制系统运行于本地主机，包括：中央控制模块，负责与用户交互、管理输入输出、实际执行工作流、按需调用另外两个模块；本机运算模块本发明通过混合本地计算机资源和高性能计算集群资源，来实现复杂的分子力场拟合工作流多步计算任务的按需分配资源以及流程控制系统。此系统可以自动生成分步任务的输入，收集输出，并可以在任意中断点处继续运行任务，提高了进行分子力场拟合流程的效率。
分子动力学力场参数拟合工作流控制系统及其控制方法

[发明专利]ARDGPR模型预测RNA中原子多极距的计算方法-CN202010837717.7有效
发明人：袁永娜;刘振宇 -专利权人：兰州大学
申请日： 2020-08-19 - 公布日： 2023-05-26 - 主分类号： G16C10/00 文献下载
摘要：本发明涉及基于ARDGPR模型预测RNA中原子高阶多极距的计算方法：通过量子力学计算软件Gaussian09优化所有RNA分子小片段的结构，并通过AIMALL软件积分计算分子中原子的高阶多极距；对每一种小分子片段，选择部分小分子片段中各原子坐标位置以及原子的高阶多极距训练ARDGPR模型；并通过剩余的小分子片段构象作为测试集验证ARDGPR模型的预测结果。本发明通过ARDGPR模型预测代替量子力学计算，在基于力场信息的分子力学模拟的基础上，可以快速的针对不同构象给出能量及原子的高阶多极距等物理化学参数信息。同时通过训练好的ARDGPR模型预测原子的高阶多极距，时间少、成本低且预测精度高，方法简便，能够节省大量的人力、物力和财力，为提高RNA分子力场模拟精确度提供相应的基础工具与快捷途径。
ardgpr 模型预测 rna 原子多极计算方法

[发明专利]从三维结构数据库检索新的配位化合物的方法-CN95196968.4无效
发明人：板井昭子;水谷实穗 -专利权人：板井昭子
申请日： 1995-10-30 - 公布日： 2004-05-19 - 主分类号： G06F17/50 文献下载
摘要：三维结构数据库检索对生物高分子配位化合物的方法，该方法包括以下的工序，(1)对于2种以上的试验化合物的三维坐标给予氢键性质编号、分子力场计算用的信息及作成构象用的信息的第1工序；(2)从生物高分子的三维坐标，准备配位体结合区域的物理化学的信息及空位原子的第2工序；(3)对于第1工序准备的试验化合物的三维坐标给予氢键性质编号、分子力场计算用的信息及制作构象用的信息、以及以第2工序准备的配位体结合区域的物理化学的信息为基础，在不断变化试验化合物的构象条件下，使生物高分子和试验化合物对接作成复合体的结构，通过评价生物高分子和试验化合物分子间的相互作用探索上述复合体的最稳定的结构的第3工序；(4)根据第3工序探索的最稳定复合体结构时的生物高分子和试验化合物的相互作用能量值
三维结构数据库检索化合物方法

[发明专利]一种高电导率、高电压电解液模拟构建分析方法-CN202210193147.1在审
发明人：陈安国;付紫微;周雄;苏纪宏;刘富亮;班宵汉;唐月娇;刁思强;胡锦飞;石斌;陈晓涛 -专利权人：贵州梅岭电源有限公司
申请日： 2022-02-28 - 公布日： 2022-05-31 - 主分类号： G16C10/00 文献下载
摘要：本发明属于电解液模拟制备技术领域，具体涉及一种高电导率、高电压电解液模拟构建分析方法，包括分子力场的创建、全原子分子动力学模拟、量子力学计算步骤，本本发明方法将分子动力学模拟和量子力学计算相结合，能够为制备与电极材料匹配性较好的电解液体系提供精准的评价方法
一种电导率电压电解液模拟构建分析方法

[发明专利]一种基于卷积神经网络的单分子力谱分类方法-CN202211366459.4在审
发明人：李旸晖;吴豪;李润坤;陈旺磊;魏靖洋;汪澍;王乐 -专利权人：中国计量大学
申请日： 2022-11-01 - 公布日： 2023-01-24 - 主分类号： G16C20/20 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于卷积神经网络的单分子力谱分类方法。包括：1)获取单分子力谱图像。2)对单分子力谱图像依次进行预处理、数据增强处理和人工标注类别处理，获得人工标注后的单分子力谱图像，制作包含训练集，验证集和测试集的数据集。4)将测试集中的单分子力谱图像输入到训练好的卷积神经网络模型中，得到单分子力谱的折叠事件数量类别信息，实现单分子力谱图像分类的目的。
一种基于卷积神经网络分子力分类方法

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