[发明专利]一种同步使用信使RNA与基因组DNA模板检测基因变异的方法

摘要

本发明公开了一种同步使用信使RNA与基因组DNA模板进行高通量测序的文库构建，以检测对应的基因变异类型的方法，该方法包括对总核酸样本进行反转录、接头连接、靶标特异性线性扩增，然后使用巢式靶标特异性引物对靶序列进行扩增。本发明的检测方法基于基因组DNA与信使RNA序列的差别，设计对应的引物，从而达到在一个反应体系中同时检测出两种核酸模板中融合与突变的目的。

主权项

1.一种同步使用信使RNA与基因组DNA模板进行高通量测序检测基因变异的方法，包括如下步骤：/n1)提供含有基因组DNA和信使RNA的核酸样本，通过反转录使得核酸样本中的信使RNA转化为双链的cDNA，得到含有双链cDNA及基因组DNA的核酸样本；/n2)将步骤1)所得含有双链cDNA及基因组DNA的核酸样本打断，得到随机分布的核酸片段；/n3)连接文库接头至步骤2)所得核酸片段，得到连接产物；/n4)将步骤3)所得连接产物与第一引物池和DNA聚合酶混合，连接产物经高温解聚成两条单链核酸，其中一条含有靶标序列的单链与第一引物经退火结合，并延伸反应至文库接头的单链末端，得到一条以含有文库接头和靶标序列的核酸为模板的单链复制产物；/n5)重复至少一次与步骤4)相同的变温循环，得到多条所述单链复制产物；/n6)将步骤5)所得单链复制产物与通用接头引物、适配引物和第二引物池混合，进行PCR扩增获得测序用文库，文库中序列结构依次为测序芯片的第一结合序列—文库接头—靶标序列—第二引物共同序列—测序芯片的第二结合序列，其中，所述通用接头引物的5’端包含一段对应于测序芯片的第一结合序列，3’端包含一段与文库接头单链结构末端相同的序列，所述适配引物5’端包含一段对应于测序芯片的第二结合序列，3’端包含一段与第二引物共同序列相同的序列；/n7)将步骤6)所得文库进行高通量测序，分析所述靶标序列是否发生了融合或/和突变。/n