[发明专利]一种基于NGS同时检测mtDNA拷贝数和突变的方法在审
| 申请号： | 201910576636.3 | 申请日： | 2019-06-28 |
| 公开（公告）号： | CN110241191A | 公开（公告）日： | 2019-09-17 |
| 发明（设计）人： | 邢金良;莫钦钦;郭姗姗 | 申请（专利权）人： | 中国人民解放军第四军医大学 |
| 主分类号： | C12Q1/6869 | 分类号： | C12Q1/6869 |
| 代理公司： | 北京盛凡智荣知识产权代理有限公司 11616 | 代理人： | 梁永昌 |
| 地址： | 710032 陕西*** | 国省代码： | 陕西;61 |
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| 摘要： | 本发明公开了一种基于NGS同时检测mtDNA拷贝数和突变的方法，制备线粒体DNA和6个内参DNA片段的捕获探针，同时捕获全基因组测序文库中的线粒体DNA和内参，利用生物信息学技术分析测序数据，实现线粒体基因组突变与拷贝数的同时精准检测，具体步骤如下：1)PCR扩增；2)探针制备；3)捕获测序；4)生物信息学分析。本发明与现有技术相比的优点在于：实现在捕获测序中同时精准检测线粒体DNA低频突变和拷贝数，降低了DNA需求量，节省珍贵DNA样本，简化了实验操作，极大地降低了检测成本。在探针制备过程中随机选取6个核DNA片段作为内参，克服了以往报道的利用捕获测序数据计算拷贝数准确性差等问题，提高了相关研究结果的准确性。 | ||
| 搜索关键词： | 拷贝数 捕获 突变 线粒体DNA 检测 测序数据 探针制备 测序 内参 生物信息学分析 生物信息学技术 线粒体基因组 内参DNA片段 捕获探针 测序文库 全基因组 实验操作 随机选取 核DNA 制备 需求量 分析 研究 | ||
【主权项】：
1.一种基于NGS同时检测mtDNA拷贝数和突变的方法，其特征在于：主要包括以下步骤：1)PCR扩增：分别扩增线粒体基因组和内参DNA片段；2)探针制备：等摩尔混合步骤一中的PCR产物，制备生物素标记的杂交捕获探针；3)捕获测序：提取DNA完成全基因组文库构建后，利用捕获探针对全基因组测序文库的目标区域进行捕获，将捕获后的文库分子进行二代测序；4)生物信息分析：去除低质量reads及duplication，完成reads在参考基因组的比对，检测线粒体基因组突变；利用线粒体基因组和内参基因的测序深度，计算出线粒体基因组拷贝数。
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