[发明专利]分子对接云计算流程控制方法

摘要

本发明属于高通量的分子对接及虚拟筛选计算领域，具体涉及一种分子对接云计算流程控制方法，（1）将原始的数据库导入到MongoDB数据库中，然后调用yoda库函数处理得到分子对接的输入结构文件；（2）调用yoda库函数自动生成对应的分子对接输入参数文件；（3）调用mixc库函数，将任务提交到Majorana任务调度平台；将任务提交到指定的云计算平台上；（4）给每个结构对应的任务添加了一个监控任务，当任务都执行完成，调用数据分析程序，自动分析分子对接结果；（5）从MongoDB数据库获取相应的分析结果作出相应的曲线。本发明实现了大批量、高并行的分子对接及虚拟筛选等计算任务的跨平台调度、连续计算、存储、监控、结果分析和图形化等。

主权项

1.分子对接云计算流程控制方法，其特征在于，包括以下步骤：（1）将原始的商业及非商业小分子数据库、蛋白质晶体结构数据库导入到MongoDB数据库中；从MongoDB数据库，获取相应的小分子及大分子结构文件，然后调用yoda库函数进行相应的处理，得到分子对接的输入结构文件；（2）根据不同阶段对应的对接精度要求，调用相关yoda库函数自动生成对应的分子对接输入参数文件；这些参数被用户提供的json格式的输入参数所替换，从而实现了参数的可控调节；（3）调用mixc库函数，将任务提交到Majorana任务调度平台；Majorana根据任务参数，将任务提交到指定的云计算平台上；Majorana实时获取任务的执行状态并记录下来，用户通过调用obiwan库函数来查看任务的执行状态；也可以根据实际需要，通过obiwan库函数来修改指定任务的参数和状态，从而自动触发Majorana发送对应的指令到云平台上，达到远程管理任务的目的；（4）给每个结构对应的任务添加了一个监控任务，实时获取这些任务的执行状态；当任务都执行完成了，调用数据分析程序，自动分析分子对接结果，并将任务执行信息、参数、结构、能量和分析结果保存到MongoDB数据库中；同时，将数据量大的结构文件上传到云存储服务器S3上；最后，根据需要自动提交下一步的计算任务；（5）所有的任务都执行完成后，从MongoDB数据库获取相应的分析结果，调用matplotlib绘图库，直接在Jupyter中作出相应的曲线，以直观的查看计算结果。