[发明专利]一种基于COI基因序列片段的软珊瑚鉴定方法

摘要

本发明公开了一种基于COI基因序列片段的软珊瑚鉴定方法，涉及软珊瑚的鉴定领域，具体包括如下步骤：步骤一：潜入水下采集肉芝软珊瑚作为样品，并将样品保存于70％乙醇溶液中；步骤二：剪取不同样品组织10mg，用超纯水反复清洗几次，使用海洋动物组织基因组DNA提取试剂盒进行样品DNA提取：步骤三：对基因的序列进行分析：步骤四：通过步骤三中基因序列分析的结果对软珊瑚进行鉴定。在本发明的实施过程中，通过基因序列片段对肉芝软珊瑚进行鉴定，极大提高了软珊瑚的鉴定准确度，而且在肉芝软珊瑚的鉴定过程中所涉及到的设备均为实验室常用设备，常见易得，从而降低了肉芝软珊瑚的鉴定难度和鉴定成本。

主权项

1.一种基于COI基因序列片段的软珊瑚鉴定方法，其特征在于，包括如下步骤：步骤一：样本的采集与保存：潜入水下采集肉芝软珊瑚作为样品，并将样品保存于70％乙醇溶液中；步骤二：样本DNA的提取：剪取不同样品组织10mg，用超纯水反复清洗几次，使用海洋动物组织基因组DNA提取试剂盒进行样品DNA提取，然后在Micro‑volume Spectrophotometer MN‑913A上测定DNA浓度，用于PCR扩增；步骤三：对基因的序列进行分析：获取26条肉芝软珊瑚样品的msh1基因部分片段，将得到的序列提交至GenBank数据库，获得GenBank登录号为MH040740‑MH040765，结合19条GenBank下载的肉芝软珊瑚msh1基因序列和1条外群序列Dampia pocilloporaeformis；通过比对和人工编辑，保留共有序列长度为735bp，所用序列均无碱基插入或缺失；获取26条肉芝软珊瑚样品的COI基因部分片段，将得到的序列提交至GenBank数据库，获得GenBank登录号为：MH152692‑MH152717，结合11条GenBank下载的肉芝软珊瑚COI基因序列和1条外群序列Cladiella pachyclados；通过比对和人工编辑，保留共有序列长度约为869bp，所用序列均无碱基插入或缺失；步骤四：通过步骤三中基因序列分析的结果对软珊瑚进行鉴定，以Dampia pocilloporaeformis为外群，结合msh1基因部分片段获得序列和Genebank下载同属的msh1基因序列；以Cladiellapachyclados为外群，结合COI基因部分片段获得序列和Genebank下载同属的COI基因序列，采用邻接法分别构建系统进化树。