[发明专利]一种基于COI基因序列片段的软珊瑚鉴定方法

权利要求书

1.一种基于COI基因序列片段的软珊瑚鉴定方法，其特征在于，包括如下步骤：

步骤一：样本的采集与保存：潜入水下采集肉芝软珊瑚作为样品，并将样品保存于70％乙醇溶液中；

步骤二：样本DNA的提取：剪取不同样品组织10mg，用超纯水反复清洗几次，使用海洋动物组织基因组DNA提取试剂盒进行样品DNA提取，然后在Micro-volume SpectrophotometerMN-913A上测定DNA浓度，用于PCR扩增；

步骤三：对基因的序列进行分析：

获取26条肉芝软珊瑚样品的msh1基因部分片段，将得到的序列提交至GenBank数据库，获得GenBank登录号为MH040740-MH040765，结合19条GenBank下载的肉芝软珊瑚msh1基因序列和1条外群序列Dampia pocilloporaeformis；通过比对和人工编辑，保留共有序列长度为735bp，所用序列均无碱基插入或缺失；

获取26条肉芝软珊瑚样品的COI基因部分片段，将得到的序列提交至GenBank数据库，获得GenBank登录号为：MH152692-MH152717，结合11条GenBank下载的肉芝软珊瑚COI基因序列和1条外群序列Cladiella pachyclados；通过比对和人工编辑，保留共有序列长度约为869bp，所用序列均无碱基插入或缺失；

步骤四：通过步骤三中基因序列分析的结果对软珊瑚进行鉴定，以Dampiapocilloporaeformis为外群，结合msh1基因部分片段获得序列和Genebank下载同属的msh1基因序列；以Cladiellapachyclados为外群，结合COI基因部分片段获得序列和Genebank下载同属的COI基因序列，采用邻接法分别构建系统进化树。

2.根据权利要求1所述的一种基于COI基因序列片段的软珊瑚鉴定方法，其特征在于，PCR扩增COI基因的引物为：COIOCTR5-ATCATAGCATAGACCATACC；COII8068F5-CCATAACAGGACTAGCAGCATC。

3.根据权利要求1所述的一种基于COI基因序列片段的软珊瑚鉴定方法，其特征在于，扩增的条件为：95℃预变性10min，运行35个以下循环：95℃变性30s，50℃退火30s，72℃延伸50s，最后72℃延伸10min。

4.根据权利要求1所述的一种基于COI基因序列片段的软珊瑚鉴定方法，其特征在于，通过对45条肉芝软珊瑚msh1基因序列进行同源性比较分析，发现变异位点165个，简约信息位点115个。

5.根据权利要求1所述的一种基于COI基因序列片段的软珊瑚鉴定方法，其特征在于，通过对37条肉芝软珊瑚COI基因序列进行同源性比较分析，发现变异位点92个，简约信息位点80个。