[发明专利]一种基于COI基因序列片段的软珊瑚鉴定方法

说明书

本发明公开了一种基于COI基因序列片段的软珊瑚鉴定方法，涉及软珊瑚的鉴定领域，具体包括如下步骤：步骤一：潜入水下采集肉芝软珊瑚作为样品，并将样品保存于70％乙醇溶液中；步骤二：剪取不同样品组织10mg，用超纯水反复清洗几次，使用海洋动物组织基因组DNA提取试剂盒进行样品DNA提取：步骤三：对基因的序列进行分析：步骤四：通过步骤三中基因序列分析的结果对软珊瑚进行鉴定。在本发明的实施过程中，通过基因序列片段对肉芝软珊瑚进行鉴定，极大提高了软珊瑚的鉴定准确度，而且在肉芝软珊瑚的鉴定过程中所涉及到的设备均为实验室常用设备，常见易得，从而降低了肉芝软珊瑚的鉴定难度和鉴定成本。

技术领域

本发明涉及软珊瑚的鉴定领域，具体是一种基于COI基因序列片段的软珊瑚鉴定方法。

背景技术

肉芝软珊瑚属(Sarcophyton Lesson,1834)属于刺胞动物门(Cnidaria)、珊瑚纲(Anthozoa)、八放珊瑚亚纲(Octocorallia)软珊瑚目(Alcyonacea)软珊瑚科(Alcyoniidae)，生长于3m-15m水深处，广泛分布在我国南海海域。它外形如同蘑菇状，由冠部(Capitulum)和茎部(Stalk)组成，冠部表面平滑，呈杯口、花环和喇叭口等形状，分布着水螅体(Autozooids)和管状体(Siphonozooids)，水螅体的功能主要是捕食和繁殖，管状体是一类触手退化的水螅体，用于进行体内外水体交换；茎部底部附着在基座上，表面如皮革材质。

肉芝软珊瑚研究主要集中在活性物质的提取和分离方面，分类学的研究相对较少。目前从肉芝软珊瑚分泌物种发现并分离了具有抗炎、抗菌、肿瘤等化合物。自19世纪以来国外学者主要是通过珊瑚外部形态和体内含有CaCO₃成分的骨针展开肉芝软珊瑚属不同种之间的鉴定；随着分子系统学的快速发展，France SC和Hoover(2002)发现许多线粒体基因在八放珊瑚中具有很高的保守性，Mcfadden等对肉芝软珊瑚的系统发育学做了大量的工作后。Mcfadden(2010)利用COI+igr1+msh1条形码对软珊瑚进行种类鉴定，她认为虽然此条形码不够完美，但是对软珊瑚分类学的研究是非常有价值的补充。

我国南海地区肉芝软珊瑚资源丰富，药用价值极大，国内关于此种软珊瑚的分类学研究也较少，目前国内对此种珊瑚的分类研究处于停滞状态，分类学家近年来对部分种类的修订并将DNA条形码技术应用于物种鉴定，我国肉芝软珊瑚的资源调查和系统发育学研究尤为迫切。

发明内容

本发明的目的在于提供一种基于COI基因序列片段的软珊瑚鉴定方法，以解决上述背景技术中提出的问题。

为实现上述目的，本发明提供如下技术方案：

一种基于COI基因序列片段的软珊瑚鉴定方法，包括如下步骤：

步骤一：样本的采集与保存：潜入水下采集肉芝软珊瑚作为样品，并将样品保存于70％乙醇溶液中；

步骤二：样本DNA的提取：剪取不同样品组织10mg，用超纯水反复清洗几次，使用海洋动物组织基因组DNA提取试剂盒进行样品DNA提取，然后在Micro-volumeSpectrophotometer MN-913A上测定DNA浓度，用于PCR扩增；

步骤三：对基因的序列进行分析：

获取26条肉芝软珊瑚样品的msh1基因部分片段，将得到的序列提交至GenBank数据库，获得GenBank登录号为MH040740-MH040765，结合19条GenBank下载的肉芝软珊瑚msh1基因序列和1条外群序列Dampia pocilloporaeformis；通过比对和人工编辑，保留共有序列长度为735bp，所用序列均无碱基插入或缺失；