[发明专利]两步基因组比较法设计贵州木霉NJAU 4742定量PCR特异性引物的方法有效
| 申请号： | 201810768488.0 | 申请日： | 2018-07-13 |
| 公开（公告）号： | CN108949908B | 公开（公告）日： | 2019-12-27 |
| 发明（设计）人： | 沈其荣;张杨;李荣;蔡枫;张建;庞冠 | 申请（专利权）人： | 南京农业大学;南京农业大学淮安研究院 |
| 主分类号： | C12Q1/6806 | 分类号： | C12Q1/6806;C12Q1/6895;C12Q1/04;C12R1/885 |
| 代理公司： | 32218 南京天华专利代理有限责任公司 | 代理人： | 傅婷婷;徐冬涛 |
| 地址： | 211225 江苏省南京市溧*** | 国省代码： | 江苏;32 |
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| 摘要： | 本发明公开了一种两步基因组比较法设计贵州木霉NJAU 4742定量PCR特异性引物的方法。本发明首先将NJAU 4742全基因组序列在NCBI和JGI数据库中比对，选出没有匹配的大于500bp的基因组片段，再将筛选得到的片段与同种菌株916的全基因组比对，设计出系列具独特碱基的引物序列。同时，还选用gfp标记菌株gfp‑NJAU 4742中插入的标记片段设计的三对引物作为对基于基因组设计的引物特异性的检验标准。通过同属不同种菌株扩增特异性检验、土壤添加再检测、盆栽土壤实际检测等步骤，筛选出最优的定量PCR引物。本发明的引物设计方法和设计的菌株特异性引物能够为其他菌株的定量PCR特异性引物设计和贵州木霉NJAU 4742的定量提供方法。 | ||
| 搜索关键词： | 定量PCR 特异性引物 基因组 菌株 木霉 比较法 比对 引物 筛选 全基因组序列 基因组片段 菌株特异性 引物特异性 标记菌株 标记片段 定量提供 检验标准 盆栽土壤 全基因组 三对引物 引物设计 引物序列 检测 碱基 扩增 匹配 数据库 土壤 检验 | ||
【主权项】：
1.一种两步基因组比较设计贵州木霉NJAU 4742定量PCR特异性引物的方法；其特征在于包括如下步骤：/n（1）将NJAU 4742全基因组序列在NCBI和JGI数据库中比对，选出没有匹配的大于500bp的基因组片段，/n（2）将筛选得到的片段与同胞菌株916全基因组一一比对，得到一系列具体区分菌株916的独特碱基序列作为NJAU 4742全基因组引物序列设计的来源，利用Oligo 6软件实施引物序列设计，设定产物大小为100-200bp，引物长度为22±2 bp，共设计10对引物；同时，选用由农杆菌介导的gfp标记菌株gfp-NJAU 4742中插入的单拷贝片段按照上述参数设计三对引物作为对基于基因组设计的引物特异性的检验标准；另选用一对已报道哈茨木霉引物作为对照；/n（3）选用gfp标记菌株gfp-NJAU 4742中的单拷贝片段设计的三对引物作为对基于基因组设计的引物特异性的检验标准，再通过与同属不同种菌株依次交叉扩增特异性检验、土壤添加扩增特异性再检测、盆栽土壤实际检测步骤，筛选出如下两对贵州木霉NJAU 4742定量PCR引物；P6：上游引物如SEQ ID NO.11所示和下游引物如SEQ ID NO.12所示；P7：上游引物如SEQ ID NO.13所示和下游引物如SEQ ID NO.14所示。/n
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