[发明专利]一种鹅掌楸基因组的SNP标记的筛选方法有效
| 申请号： | 201810543378.4 | 申请日： | 2018-05-29 |
| 公开（公告）号： | CN108754005B | 公开（公告）日： | 2019-08-20 |
| 发明（设计）人： | 施季森;陆叶;陈金慧;龙晓飞;杨立明;肖保荣;刘阳;陈新颖;张稼霁 | 申请（专利权）人： | 南京林业大学 |
| 主分类号： | C12Q1/6895 | 分类号： | C12Q1/6895;C12Q1/6869 |
| 代理公司： | 南京申云知识产权代理事务所(普通合伙) 32274 | 代理人： | 邱兴天 |
| 地址： | 210037 *** | 国省代码： | 江苏;32 |
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| 摘要： | 本发明公开了一种鹅掌楸基因组的SNP标记的筛选方法，以北美鹅掌楸‘NK’和鹅掌楸‘LS’杂交获得的F1代个体为材料，以测序得到的鹅掌楸参考基因组为基础，运用Primer5.0软件设计PCR扩增引物并检验引物的扩增效率和特异性，从中挑选27个候选SNP位点进行引物设计，经过PCR扩增后利用琼脂糖凝胶电泳检测筛选结果，并通过种源材料验证，最终获得鹅掌楸基因组的SNP标记。本发明从鹅掌楸基因组数据库中挑选了27个SNP位点进行了引物合成，经过PCR扩增检测后送出测序，结果显示，所有的位点都为真实的SNP位点，说明SNP位点质量可靠，所用标准较好，得到的高质量SNP标记可用于遗传连锁图谱等后续工作。 | ||
| 搜索关键词： | 基因组 筛选 测序 琼脂糖凝胶电泳检测 基因组数据库 遗传连锁图谱 检验引物 扩增效率 引物合成 引物设计 种源材料 可用 送出 位点 验证 杂交 参考 检测 | ||
【主权项】：
1.一种鹅掌楸基因组的SNP标记的筛选方法，其特征在于：以北美鹅掌楸‘NK’和鹅掌楸‘LS’杂交获得的F1代个体为材料，以测序得到的鹅掌楸参考基因组为基础，运用Primer5.0软件设计PCR扩增引物并检验引物的扩增效率和特异性，从中挑选27个候选SNP位点进行引物设计，经过PCR扩增后利用琼脂糖凝胶电泳检测筛选结果，并通过种源材料验证，最终获得鹅掌楸基因组的SNP标记；所述的27个候选SNP位点的对应PCR扩增引物序列，如下表所示：![]()
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