[发明专利]基因组信息辅助育种方法Ⅱ-一种基于全基因组SNP有利单倍型挖掘的育种亲本选择方法

摘要

本发明涉及一种利用HT变异信息和SNP聚类分组信息进行育种亲本选择的基因组信息辅助育种方法。本发明的实质是通过基因组学和生物信息学的方法，获得候选育种亲本的大量基因组测序信息，一方面通过序列比对分析获得高质量SNP数据集，在此基础上计算候选育种亲本的遗传距离矩阵，构建SNP聚类树，依据亲缘关系远近进行候选亲本的分组；另一方面，根据育种计划所设定的目标性状，选择重要的相关基因位点，获取候选亲本间的HT变异信息，比较携带不同类型HT变异的亲本在目标性状上的差异。通过整合HT变异信息和基于SNP聚类亲本分组信息，从大量候选育种亲本中筛选获得用于目标性状重复表型鉴定的候选亲本。该方法属于水稻分子育种领域，利用数据库信息挖掘，能够从大量候选育种亲本中比较有效的缩小亲本材料范围，减少表型重复鉴定的工作量，提高育种工作效率。

主权项

1.一种利用HT变异信息和SNP聚类信息进行育种亲本选择的基因组信息辅助育种方法，按照如下步骤进行：1)通过基因组重测序获得候选育种亲本的大量基因组reads信息；2)通过常规的序列比对方法与参考基因组进行比对，获取reads的物理位置信息，提取SNP信息数据集；通过设置参数，过滤SNP信息数据集，获得缺失数据最少的高质量SNP数据亚集；3)在高质量SNP数据亚集的基础上，通过常规的方法计算获得候选育种亲本的遗传距离矩阵，利用常规方法构建SNP聚类树，根据候选育种亲本的SNP聚类信息，判断候选育种亲本之间的亲缘关系远近，依据基因组相似性进行亲本分组；4)根据育种计划所设定的目标性状，选择重要的相关基因位点，根据该基因的物理位置区间，提取候选亲本在目标性状控制基因所对应的物理区间内的SNP信息，进一步设置非同义突变等筛选，根据候选亲本间的SNP多态性，利用自主编写的软件代码，将每个候选亲本中目标基因区段中的SNP信息整合成单倍型HT变异信息；5)调取HT变异的不同类型所对应的目标性状表型，结合候选亲本的分组信息，从大量候选亲本中筛选获得用于表型鉴定的亲本子集；6)结合亲本子集的表型重复鉴定结果最终确定育种计划所需的入选亲本。