[发明专利]用于通过示踪剂分析法对复杂异质群落进行微生物株系分析、确定其功能关系及相互作用以及合成包括给药微生物群集和接种微生物群集的微生物群集的方法、设备和系统

摘要

公开了用于通过示踪剂分析法对复杂异质群落进行微生物株系分析、确定其功能关系及相互作用以及合成包括给药微生物群集和接种微生物群集的微生物群集的方法、设备和系统。

主权项

1.一种形成活性微生物株系的生物群集的方法，所述生物群集被配置为填入、战胜和/或替代目标生物环境中的现有微生物，所述方法包括：获得至少两个样品集合，每个样品集合包括多个样品，并且每个样品集合共有至少一个共同的环境参数；检测每个样品中的多种微生物类型，并确定所述多种微生物类型的每种检出微生物类型的绝对细胞数量；测量每个样品中独特的第一标记物及其量，每个独特的第一标记物是检出微生物类型的微生物株系的标记物；基于所述样品中每种检出微生物类型的所述绝对数量和所述样品中独特的第一标记物的数量及其量，确定存在于每个样品中的每种微生物株系的绝对细胞计数；测量每种微生物株系的至少一个独特的第二标记物，以确定每个样品中的活性微生物株系；生成所述至少两个样品集合的每个样品的活性微生物株系及其相应绝对细胞计数的列表；使用网络分析对所述至少两个样品集合的每个样品的所述活性微生物株系及相应绝对细胞计数与所述至少两个样品集合中的每一个的至少一个测得元数据进行分析，以测量每种活性微生物株系与每种其他活性微生物株系之间以及每种活性微生物株系与所述至少一个测得元数据之间的连通性；基于所述分析从活性微生物株系的所述集合中选择多种活性微生物株系，其中所述选择的活性微生物株系被选择用于实现以下至少一者：填入、战胜和/或替代目标生物环境中的现有微生物；以及将所述选择的多种活性微生物株系与载体培养基以基于每种株系的目标绝对细胞数量的剂量组合，以形成活性微生物的生物群集，所述生物群集被配置为填入、战胜和/或替代目标生物环境中的现有微生物。