[发明专利]一种筛选绿豆高多态性分子标记位点的方法

摘要

本发明公开了一种筛选绿豆高多态性分子标记位点的方法，将不同品种的绿豆种子等量混合后抽提总核酸；构建高通量测序文库；寻找基因组上的变异位点；通过滑动平移筛选高多态性位点；在候选位点两侧设计多重扩增引物；对多重引物的筛选后即获得新的高多态性分子标记位点。理论上本发明可以一次性筛选出基因组上所有可用的高多态性分子标记位点，并且可以直接用于品种的高通量检测；由于开发过程中已经综合了多个品种的基因组信息，因而不需要传统筛选方法中针对每个样品的反复验证过程；在应用上本方法所筛选出的分子标记位点可以批量检测，不需要对每个分子标记位点一个一个的做分子扩增和检测，因而加快了检测速度，并提高了准确性；本发明筛选出的分子标记多态性高、分辨率好，且筛选过程简单、快速且流程规范。

主权项

一种筛选绿豆高多态性分子标记位点的方法，其特征在于：包括如下步骤：将不同品种的绿豆种子等量混合后抽提总核酸，构建高通量测序文库；采用高通量测序的方法对所述高通量测序文库进行高覆盖度的测序，获得测序片段；并将测序结果比对到绿豆的参考基因组上；根据比对结果获取所有的突变位点；按照窗口平移获得每个窗口的突变位点的组合数，并将每种组合的测序片段数量换算成所述窗口上所有测序片断的百分比；计算每个窗口的多态性，并评估该窗口是否处于单拷贝区域，得到候选位点；寻找候选位点两侧的保守区域，在所述保守区域设计分子标记的多重扩增引物；对所述多重扩增引物筛选，获得新的高多态性分子标记位点。