[发明专利]一种新的估计基因组育种值的快速贝叶斯方法

摘要

本发明公开了一种新的估计基因组育种值的快速贝叶斯方法。步骤为对所有个体进行生产性能的表型测定和基因组测序，获得基因组的SNP位点；筛选出合格的SNP位点，并将缺失的基因型补齐；将所有个体随机分为参考群体和估计群体；通过参考群体的表型值和迭代条件期望算法计算出参考群贝叶斯模型中的每个SNP位点的期望效应值；通过将各个SNP位点的期望效应值累加得到估计群体的估计基因组育种值GEBV；并通过计算基因组育种值与表型值或真实育种值的相关系数来获得估计准确度。本发明的方法具有计算速度快、稳定性高，并且不降低育种值估计准确度的特点。

主权项

一种新的估计基因组育种值的快速贝叶斯方法，其步骤为：(1)对所有个体进行生产性能的表型测定和基因组测序，获得基因组的SNP位点；(2)质量控制：从上述所得到的基因组的SNP位点中筛选符合下面要求的SNP位点：MAF>0.05，符合哈代温伯格平衡检验P‑value>0.001，位点缺失率低于20％；筛选出合格的SNP位点；对于缺失的SNP位点，通过imputation方法将缺失的基因型补齐；(3)将所有个体通过杂交验证的方式随机将80％的个体作为参考群体，剩余20％的个体作为估计群体；(4)通过参考群体的表型值和迭代条件期望算法计算出参考群贝叶斯模型中的每个SNP位点的期望效应值；(5)将所得SNP位点的期望效应值代入估计群，通过将各个SNP位点的期望效应值累加得到估计群体的估计基因组育种值GEBV，公式为其中B为估计群个体的基因型矩阵，为SNP位点的期望效应值向量；并通过计算基因组育种值与表型值或真实育种值的相关系数来获得估计准确度。