[发明专利]使用受控的链置换的DNA序列测定

摘要

本申请公开了制备用于测序的DNA链的方法，以及使用根据这些方法制备的DNA链的遗传构建体、文库和阵列。本申请还公开了使用产生的DNA链、遗传构建体、文库和阵列进行测序的方法。在某些方面，被测序的DNA包括靶序列和至少一个衔接子序列。

主权项

一种制备用于测序的DNA链的方法，其包括：a)提供模板DNA多核苷酸，模板DNA多核苷酸包含插入在第一衔接子3'到第一靶DNA序列与第二衔接子5'到第一靶DNA序列之间的第一靶DNA序列，并且任选地包含第三衔接子3'到所述第一衔接子和插入在所述第一衔接子和所述第三衔接子之间的第二靶DNA序列，其中所述模板DNA多核苷酸被固定在基底上，b)将第一引物与所固定的所述模板DNA多核苷酸组合，并将所述第一引物与所述第一衔接子中的第一引物结合序列杂交，其中当第一引物与所固定的所述模板DNA多核苷酸组合时，所述第一引物不固定在所述基底上；c)使用第一DNA聚合酶延伸所述第一引物以产生第二链，其中所述第二链包含与所述第一靶DNA序列互补的序列和与所述第二衔接子的至少一部分互补的序列；d)将第二引物与所固定的所述模板DNA多核苷酸组合，将第二引物与第二引物结合序列杂交，其中所述第二引物结合序列是3'到所述第一引物结合序列，其中当所述第二引物与所固定的所述模板DNA多核苷酸组合时，所述第二引物不固定在所述基底上；以及e)使用具有链置换活性的DNA聚合酶延伸所述第二引物以产生第三链，其中延伸所述第二引物以产生所述第三链，部分地置换所述第二链，从而产生部分杂交的第二链，该第二链具有：(i)与所述模板DNA多核苷酸杂交的杂交部分，以及(ii)未杂交悬伸部分，其含有与所述第一靶DNA序列互补的序列和与所述第二衔接子的至少一部分互补的序列，其中未杂交部分是在所述第二条链中的5'到所述杂交部分。