[发明专利]一种检测流产组织DNA拷贝数变异和嵌合体的方法

摘要

本发明公开了一种检测流产组织DNA拷贝数变异和嵌合体的方法，包括数据质控、数据校正、确定拷贝数变异、结果展示、确定参考范围；所述确定拷贝数变异包括：(1)校正后的数据根据Circular Binary Segmentation算法确定拷贝数变异数值，(2)根据隐马尔科夫模型Hidden Markov Model算法确定拷贝数变异数值，(3)根据Z‑score对区间内拷贝数变异显著性进行进一步统计；所述确定参考范围为：R值的参考范围在[‑0.2,0.2]之间，Z值的参考范围是[‑3,3]，对于R值大于0.2或小于‑0.2，Z值大于或小于3的区间，则提示该染色体区域存在拷贝数重复或缺失的情况。本发明可以用于流产原因分析，进一步具体地阐述基因因素在流产发生中的重要作用。

主权项

1.一种基于ion torrent测序平台检测流产组织DNA拷贝数变异的方法，包括数据质控、数据校正、确定拷贝数变异、结果展示和确定参考范围；其特征在于，所述确定拷贝数变异包括：(1)校正后的数据根据Circular Binary Segmentation算法确定拷贝数变异数值，(2)根据隐马尔科夫模型Hidden Markov Model 算法确定拷贝数变异数值，(3)根据Z‑score对区间内拷贝数变异显著性进行进一步统计；所述确定参考范围为：R值的参考范围在[‑0.2,0.2]之间，Z值的参考范围是[‑3,3]，对于R值大于0.2或小于‑0.2，Z值大于3或小于‑3的区间，则提示待测染色体区域存在拷贝数重复或缺失的情况；所述数据质控包括：(1)去除低质量的reads：包括大于Q15的碱基比例不小于80%、reads长度不小于50bp；(2)去重：同一条reads被多次复制的当作一条reads；(3)比对reads唯一性：对于多次比对到基因组不同部位的reads，将其从结果中去除；所述数据校正包括：(1)基因组的端粒、着丝粒、卫星和微卫星区域进行掩盖；(2)将基因组切割成50kb一个的窗口，统计落在每一个窗口中的reads个数；(3)窗口内如果参考基因组的N碱基的比例大于10%，直接去除该窗口，否则 对reads进行中位数校正；(4)对窗口内的reads根据每个窗口的GC百分数进行Loess校正；(5)对窗口内的reads根据每个窗口的实际比对率进行Lowess校正；(6)根据女性或者男性样本的基线数据分别根据性别进行校正。