[发明专利]一种检测流产组织DNA拷贝数变异和嵌合体的方法

说明书

本发明公开了一种检测流产组织DNA拷贝数变异和嵌合体的方法，包括数据质控、数据校正、确定拷贝数变异、结果展示、确定参考范围；所述确定拷贝数变异包括：(1)校正后的数据根据Circular Binary Segmentation算法确定拷贝数变异数值，(2)根据隐马尔科夫模型Hidden Markov Model算法确定拷贝数变异数值，(3)根据Z‑score对区间内拷贝数变异显著性进行进一步统计；所述确定参考范围为：R值的参考范围在[‑0.2,0.2]之间，Z值的参考范围是[‑3,3]，对于R值大于0.2或小于‑0.2，Z值大于或小于3的区间，则提示该染色体区域存在拷贝数重复或缺失的情况。本发明可以用于流产原因分析，进一步具体地阐述基因因素在流产发生中的重要作用。

技术领域

本发明涉及离体组织的基因信息分析领域，具体地，涉及一种检测流产组织DNA拷贝数变异和嵌合体的方法。

背景技术

流行病学证据显示基因的因素在流产发生中起重要作用。染色体异常例如三体，单体，多倍体是用传统方法检测出的常见致流产原因，为50～70％小于10周妊娠的流产做出了解释。由于传统方法的分辨率有限，-30～40％的流产胚胎的具有正常的检测结果即二倍体，没有更多发现用于解释流产的原因。

染色体嵌合体在不同的样本中发生率不同。在羊水样本中约0.20％～0.25％，在绒毛组织样本中约0.8％～0.2％。由于染色体基因芯片用于检测嵌合体只能检出25～70％的嵌合，以及嵌合体的检测收样本采集的影响很大。所以在分析流产的原因时，嵌合体的发生率是被低估了。尤其是低比例的嵌合体。

分子核型分析的方法，如多重荧光原位杂交(mFISH)，多重连接依赖探针扩增(MLPA)和实时定量酶连反应(qPCR)，克服了传统核型分析的劣势，提供了比传统核型分析更好的分辨率。但是这些分子核型方法的缺点是通量低、分辨率有限，对于衡量全部染色体的变异情况能力有限。在目前现有检测方法中，G带染色体核型分析技术是检测染色体异常的“金标准”。G带核型分析是一种传统的染色体分析方法，在自发性流产原因的探索中占重要地位。但是细胞培养失败，母源细胞污染，染色体制备失败等因素在很大程度上限制了G带核型分析的应用。微阵列比较基因组杂交技术是一种新型高效的分子核型分析技术，其优势在于省去了细胞培养，一定程度上避免了母体细胞污染。可以直接在DNA水平上进行分析并将分析结果比对数据库做出诊断。很大程度上又要依赖于细胞样品的质量。如果样本细胞量小或被污染，则很难或不能检测出结果。

利用高通量测序技术对流产组织进行检测的方法相比传统方法具有明显优势。该方法最低起始量只需3ngDNA样本，相比于微阵列比较基因组杂交技术对样本量要求少，对样本质量要求不如微阵列方法严格。检测的准确性、灵敏度及可靠性都大大提高。通过低深度测序，能够对流产组织DNA的拷贝数变化进行准 确检测，可以克服传统检测方法耗时长，需要细胞培养，分辨率低等缺点。目前，市场上基于高通量基因测序法检测流产组织的诊断产品都是基于illumina测序平台，没有针对ion torrent平台开发的配套的生物信息学算法。本发明旨在提供一套用于ion torrent测序平台检测流产组织中染色体DNA拷贝数变异和嵌合体的算法。

发明内容

本发明为了克服现有技术的上述不足，提供一种基于ion torrent测序平台检测流产组织DNA拷贝数变异和嵌合体的方法。

为了实现上述目的，本发明是通过以下技术方案予以实现的：